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被烧死在牛津的火刑堆上。一些新教徒逃离英国，而有一些入土后也得不到安宁。1556年2月6日，新教神学家马丁·比塞和保罗·法基尔斯的尸体被挖了出来，他们的棺材被用链子缚在桩子上，抬到剑桥的集市广场上焚毁了，好像他们是异教的复辟者似的。
女王伊丽莎白一世信奉新教，在她的统治下，大学地位渐渐得到了巩固，伊丽莎白一世的登基影响深远。人们继续激烈地开展《圣经》和教会的权威性的争论，而承认英国国教的宣誓使许多人陷进了一场良心上的不安，无论是天主教徒还是忠诚于伊丽莎白一世的清教徒都一样。这位“处女女王”引进了院士必须独身的戒律，只有院长例外。从1570年起，这一禁止院士结婚的命令就被纳入了大学的规定，直到1861年成为正式条令。埃曼努尔学院（1584年）和悉尼·苏塞克斯学院（1596年）两学院都旨在促进新教，为了表明它们和信奉天主教的历史决裂，两座礼拜堂最初都是坐南朝北，而不是坐西朝东。
伊丽莎白一世只来过剑桥大学一回，那是在1564年夏天，她更喜欢“亲爱的牛津大学”，并且资助它。可是在她长时间的统治期间，剑桥大学前所未有的而且以后也再没有这样接近过王位和权力。她的大臣，伯利男爵威廉·塞西尔，在他的母校担任校长近40年。剑桥大学的毕业生相继担任坎特伯雷大主教，任职于国家和教会的高级部门。
随着宗教形势的稳固，大学生的人数也从1570年的1630名增加到1620年的3000名左右。现在，也有越来越多的“绅士”的儿子们前来剑桥大学就读了。当时大学生们分成三类：贵人（noblemen），他们支付昂贵的学习费用，不用考试就能拿到学位，作为自费生和院士同桌用餐，这是他们的许多特权之一；公寓生（pensioners），来自中等阶层的大学生，他们支付住宿和学习费用，但少一些；最后是特困生（sizar）们，来自贫困家庭的助学金领取者，虽然免除了学习费用，但必须在学院里提供服务。大学的这三种社会等级的教育基础是16~17世纪发展形成的导师制，同时也是学院式经济的一部分。年轻院士就是靠担任导师维持生计。
数百年来，剑桥城只是这所大学的后花园，是廉价劳动力的仓库。早在1954年，爱尔兰剧作家肖恩·奥卡西访问过剑桥后就写道：“这座城市挤在学院建筑的周围，给人的印象是一个没落的小伙子期望一位富亲戚赐给他一个工作。”学院扩张得越大，它们对门卫、校役、清洁女工和匠人的需求量就越大。城市规模仍然相当小，1801年首次人口普查时，居民人数才不足9000人，还只是繁华农业经济中心的一个小镇。这里住着农民、石匠、啤酒酿造工人、裁缝、鞋匠、商人。城里没有大房子，有钱人都住在城市周围的庄园里。但是，全国各地的客人、伦敦的马车、欧洲大陆的商人每年都要光顾剑桥一次，一般在9月份赶斯图尔桥年市。
1211年前后，约翰国王授权市民们在城东的公有土地上修建一个市场，后来斯图尔桥年市成了英国同类集市中规模最大的。布商、葡萄酒商、制革工人、灯芯制造工、书商、马贩，都在那里搭起了摊子，后来流动艺人们来了，魔术师们、木偶表演者们、爱讲笑话的人、侏儒和巨人、“猛兽和野人们”都来了。那是个有酒馆妓院的全国性聚会，一个应有尽有满足各种需求的自由市场。当时各学院出售蜡烛和其他存货，而学生们则卖书。据说，牛顿就在那里买到了他的多棱镜，约翰·班扬将斯图尔桥年市当做名利场的原型，《天路历程》里年市的现实原型。19世纪，剑桥年市开始没落，1934年被取缔，最后只留下一条街道的名字，那就是蒜街，因为大蒜商人和调料商人曾经将他们的摊子扎在那里。
斯图亚特王朝的国王们更喜欢牛津大学，他们将剑桥大学当做前往新集市赛马时中途休息的地方。当詹姆士一世1614年留宿三一学院时，整个学院里禁止吸烟，因为众所周知，这位国王痛恨吸烟。为了供他消遣，教师们安排了一场哲学戏，一场有关“狗们是否进行三段论”问题的辩论表演。最后得出的结论是，狗不能思考。但那位君主听后说，他的狗是个例外，教师们为之高声附和。毫无疑问，剑桥大学是一个精神活跃的地方，充满神学和政治的辩论，获益匪浅的不光是年轻的弥尔顿。在悉尼·苏塞克斯学院，学生奥利弗·克伦威尔接触到了加尔文灌输的思想，1640年他以一票的优势代表剑桥大学被选进了议会。圣约翰学院的院士、诗人约翰·克利夫兰议论道：“那惟一的一票既毁了教会也毁了王国。”和剑桥城不同的是，在内战爆发时，剑桥大学继续忠于王室。1643年克伦威尔返回来后，将学院变成了军营，将剑桥大学变成了他的司令部。大多数院长丢掉了他们的职位；有一半院士，大约200多人被解雇了；有些逃去了查理一世驻陛的牛津。威廉·道辛受议会委托，想毁掉学院改革中幸存下来的一切—天使像、圣像以及各种显示罗马教皇权力的东西。不管这位破坏者做得有多野蛮，它也反映了克伦威尔的同时代人是多么虔诚。
“祈祷和布道时谨防睡眠，因为那是死亡之眠。”1660年时三一学院的学生规章里写道，“尽量不下棋，因为它虽然是一种智力游戏，但太单调太费时了。禁止踢足球，因为它是一种粗鲁的剧烈运动，更适合小丑而不适合学生。”
在君主制复辟之后，王室的宠臣被指派来担任大学校长，对教师的聘请也连续几十年反映了王室继承人在新教和天主教之间的信仰变换。在此期间，能够以笛卡儿的坚定不移进行研究和教学的不光是剑桥大学的柏拉图主义者们，而是一个自由宗教哲学组织，他们信仰“真理是主的烛光”。信仰为理性寻找存在的理由，理性则发现了一种新的信仰，自然科学。伦敦皇家俱乐部（1660年）成立后设立了数学、化学和天文学的教授席位。牛顿这颗自然科学之星在剑桥大学的上空闪闪发亮。但学生们最热烈的争论是在咖啡馆里举行的，清教徒们和理性主义者都在那里品尝时新的饮料，享受清醒的狂欢。学说和学院的流言飞语、学生诗歌、之后的第一批报纸，都率先在咖啡馆里流传。这些网吧的前身变得如此流行，校长和院长们不得不于1750年颁布禁止学生上午就去咖啡馆的禁令。不同于牛津的是，当时剑桥和伦敦之间的往来还相当少，直到1792年才出现了第一辆直达的定班邮车，伦敦到剑桥需要走7小时15分钟。
18世纪，王室和议会对大学的自主管理更为宽松，因而教师和学生们可以随意做他们最想做的事情，学习或四处享乐。他们去钓鱼、狩猎，去咖啡馆、看演出，也去逛妓院—妓女们懂得这些禁欲的院士和大学里的年轻牡马是个有利可图的市场。在圣约翰学院的教师公用室里，在乔治时代的学院里，还能对曾经的那个风雅而铺张的时代有所体现—弗吉尼亚·伍尔夫的父亲莱斯利·斯蒂芬称之为“这个极其舒适和令人向往的世纪”。打瞌睡的教师和狩猎酗酒的大学生的画作是当年的牛桥毫无创意的作品。在那时候，性情乖戾的贵族子弟们的越轨行为比读书人的驼背更受人尊敬。然而，大多数学生来自贫困家庭，他们辛苦工作，希望最终能得到一个谋生的牧师职位。在乔治时代，剑桥大学的许多教授不举办讲座，也不总待在学校。
1800年左右，剑桥大学（和牛津大学）的名望受到威胁，另外两所大学超过了它们，尤其是在自然科学方面，那就是苏格兰的爱丁堡大学和哥廷根大学。它们是乔治二世创办的大学，不久就成了汉诺威人最著名的大学。另外，英国国内也出现了竞争对手—德勒姆大学（1832年）和伦敦大学（1836年）。牛桥失去了它的垄断地位，同时大学生的人数却在上升，发展起来的资产阶级的中等阶层需要新的培养场所。在维多利亚王朝这一越来越工业化和商业化的社会里，剑桥大学也感觉到自己应该出一分力。
第一部分 微软相遇新世纪第3节 微软相遇新世纪（3）
1847年，剑桥大学以微弱的多数将这位不受欢迎的德国人选为校长。阿尔伯特亲王终于有了自己的活动场所，这着实让女王松了一口气。他的确比英国大多数的大学教师更了解德国和英国的教育事业，但他太迁就剑桥大学的传统，不能进行真正大刀阔斧的改革。直到1858年大学法案确立，这才开始修改章程和教学内容，学院过于独断专横的自治也受到了限制。特权时代结束了。不仅天主教徒们要求完全的教育权利，这回连妇女也想上大学了。
1869年，当埃米莉·戴维斯小姐开始教授5位女生时，她的这一起点虽然很低但很重要。格顿学院是大英帝国的第一所女子学院，两年后纽纳姆学院也兴办起来了。让年轻姑娘们获得思想和社会自由？这会带来什么后果？这可不是维多利亚社会所理解的进步，但剑桥大学的教授们渐渐习惯了有妇女参加他们的讲座。剑桥大学在英国大学中是最后一所同意妇女享有完全平等权利的学校，从选举权到学位颁授典礼。1948年剑桥的女生们终于享受到平等的权利，比牛津大学晚了28年，但这也是一项重要纪录。作为剑桥大学的男子学院，国王学院和丘吉尔学院率先于1972年招收女生，而莫德林学院是最后一所（1987年）。今天，在剑桥大学，女生所占比例超过了1/3，但只有6％的教授是女性。
1871年，一项新法律结束了对不信奉英国国教者的歧视。在那之前，谁想获得硕士头衔、学院官职或教授席位，都必须宣誓信奉《三十九条信纲》。1563年开始实行的这一信奉英国国教的声明将天主教徒、�