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第四章——《自然选择》是最重要的篇章这一，它的结尾部分是一段很长的比喻。有关达尔文理论的通俗著作经常引用这个比喻：
“同一纲中一切生物的亲缘关系有时用一株大树来表示。我认为这种比喻是很符合实际情况的。绿色的，发芽的小枝可以代表现存的物种；数年前生长出来的枝条相当于长期连续的绝灭物种。在每一生长的时期中，一切生长着的小枝都向各方生出嫩枝，而且试图遮盖并弄死邻近的嫩枝和枝条，物种和物种群在巨大的生活斗争中，随时都在战胜其他物种。巨枝先分为大枝，再逐步分为更小的枝，当树幼小时，它们都曾一度是生芽的嫩枝；这种旧芽和新芽由分枝来相连结的情形，很可以代表在群又分群的分类中的一切现存物种和绝种物种。当这株树还仅仅是一株矮树时，在许多茂盛的小枝中，也许只有两个或三个小枝被保留下来，成长为现在的大枝，并且负荷着其他的枝条；生存在久远的地质时代的物种也是这样，它们之中只有少数物种遗留下现在还活着的变异了的后代。从树开始生长的时候起，许多巨枝和大枝都已经枯萎而且脱落了；这些枯落了的、大小不等的枝条，可以代表那些没有现存代表的、已成为化石状态的全目、全科及全属。正如我们在某些地方看到的，一个细少的枝条从旧树枝的废墟上生出来，并且由于某种偶然机会，至今还在顶端生长着那样，有时我们看到如鸭嘴兽或肺鱼之类的动物，它们在某种程度上由亲缘关系把生命的两条大枝连络起来，并由于生活在有荫庇的地点，便从致命的竞争里得到幸免，如果由于生长而生出新芽，这些新芽如果健壮，就会分出枝条遮盖和压倒四周许多较弱的枝条。所以我认为，这巨大的‘生命之树’在其传代中也是这样的，这株大树用它的枯落的枝条填充了地壳，并且用它的分生不止的美丽枝条遮盖了地面”。
第六章是《学说的难点》，这一章的结尾部分也是值得特别注意的。这里达尔文极其巧妙地把居维叶以模式统一法则和生存条件法则所表达的神学论原则和唯心论原则变为自己理论中的话，变为因果关系的话。他把模式统一看作是遗传作用和自然选择的结果，因为自然选择使生物变异。使生物无论过去或现在都适应“生存条件”。
这一章的结尾是这样写的：“人们都承认，一切生物是依照两个大法则即‘模式统一’法则和‘生存条件’法则形成的。模式统一是指我们在同纲生物里看到的，与生活方式毫无关系的构造上的基本相似这种情况而言。按照我的理论来看，模式的统一可以用起源的统一来解释。有名的居维叶所经常坚持的‘生存条件’的说法，完全包括在自然选择的原因之内。因为自然选择或者是依据现在使各生物的变异部分适应于有机的和无机的生存条件而发生作用，或者是依据它们在过去的时代的适应情况而发生作用，而且在许多情况下器官是否经常使用也对适应产生影响。而器官本身又受到外界生活条件的直接影响，并且在任何情形下都受到生长和变异的各种法则的支配，因此，‘生存条件法则’实际上是比较高级的法则；因为通过以前的变异和适应的遗传，它把‘模式统一法则’包括在内了”。
第八章本能——被达尔文缩减了一半，他删去了①许多复杂本能的例子，这些复杂本能的发展情况早就引起了他的兴趣，所以他尽量将其收入《概要》里，这里只举了三个例子。这一章的结尾是这样写的：“最后，最能满足我的想象的是（虽然这从逻辑角度来看可能并不是特别令人信服的），不把这样一些本能，如一只小杜鹃把义兄弟逐出巢外的本能、蚁养奴隶的本能、姬蜂科幼虫寄生在活的毛虫体内的本能等，看作是被特别赋与的或被特别创造的本能，而只看作是决定一切生物进化（即繁生、变异、最强者生存、最弱者死亡）的一个一般法则的一些不大的结果”。
①删掉的这一部分内容刊登在《达尔文全集》1939年苏联科学院版第3卷。
第十章——《论地质纪录的不完全》——的结尾部分出色地利用了赖尔首次使用过的一个比喻。“至于我自己，则遵循着赖尔的比喻，把地质的纪录看作是一部已经散失不全的、并且是用变化了的语言写成的一部世界历史；在这部历史中，我们只有最后的一卷，而且只涉及到两三个国家。在这一卷中，又只是在某些地方保存了篇幅很短的一章，每页只有寥寥的几行。缓慢变化着的语言的每一个字，在连续的各章中多少有些不同，这些字可能代表埋藏在连续地质层中的、而且被错认为突然发生的诸生物类型。按照这种观点来看，上面所讨论的那些难点就可以大大地缩小，或者甚至消失”。
第十二章和第十三章谈的都是《地理的分布》。因此只是在第十三章的最后才有总的结论和结尾部分：“按照我们的学说，在时间和空间里的这些不同的关系是可以理解的；因为不论我们谈的是在连续时代中曾经发生变化的接近的生物类型或者谈到的是迁入遥远地方以后曾经发生变化的生物类型，在这两种情况下，它们都被普通生殖的同一纽带连结起来；在这两种情况下，变异法则都是相同的，而且变异都是由自然选择的同一方法累积起来的”。
末了，最后一章——《复述和结论》——的结尾部分，同时也是全书的结尾部分，这里最后一次列举了几个最重要的理论要素，并将主题上升到了解世界生命过程的热情洋溢的程度。“静心观察下述情况是有趣的：一个树木密茂的岸边，长满了许许多多、各种各样的植物，鸟类在灌木丛里歌唱，各种不同的昆虫飞来飞去，蚯蚓在潮湿的泥土里爬行；并且思考下述情况也是有趣的：所有这些构造精巧的类型，彼此是这样的不同，彼此是这样复杂地相互依存着，而它们都是依靠在我们周围至今还在起着作用的那些法则产生出来的。这些法则，就最广泛的意义而言，就是伴随着‘生殖’的‘生长’；几乎是由生殖而必然产生的‘遗传’；由于生活条件的直接和间接的作用以及由于使用和不使用的情况而产生的‘变异’。繁殖力是如此之高，以致足以导致‘生活斗争’及其后果，即导致‘自然选择’，从而引起‘性状分歧’和改进较少的类型的‘绝灭’。这样，从自然的战争里，从饥荒和死亡里，就直接产生出有才智的人能想象出的最崇高结果，即高级动物的产生。认为生命及其各种不同的表现是由‘造物主’注入到一个类型或少数类型中去的，并且认为在这个行星按照引力的既定法则继续运行的时候，最美丽的和最奇异的无限类型是从这样一个简单的开始发展起来的，而且现今还在继续发展着；这就是这些观点的伟大之处”。
不要忘记，所有这些结尾部分彼此之间隔着大量引证的事实、证据、论断和争论。因此，为了提醒读者，使他们知道每一章所叙述的内容都和全书的基本思想有关，这些结尾部分确实是必要的。
书的总的语气也非常好，因为它没有把话讲得那么绝对。达尔文在任何地方都不把自己的观点强加于人，在任何地方都不对对立面横加指责；他总是提出大量证据来说明或反对某种思想，引证大量他所观察到的情况，引证各种意见和考虑，他在这样做时似乎是在对读者说：“你自己判断一下吧：看来，我们的观点要比任何一个别的观点更正确些”。他似乎是在邀请读者跟着他一起来讨论问题，并且让读者有在某个问题上同意他或反对他的自由。他始终记住，在他深入研究自己的理论，专心致意地研究各种不同的事实并越来越深入于自己的研究对象时，他自己只是一步一步地、逐渐地确信自己理论的正确性。既然他自己经历过这样一个渐进的过程，那他就不可能指望别人一下子便能接受他的学说。他常想并且常说，一个人即使对他的理论稍微表示赞同，但是要让人家同意他的其它一些结论，那也只能在人家逐渐地赞同了他的全部理论之后才能做到。
因此不难了解，达尔文著作的读者很快地就在一定的广度和深度上承认了他的学说。于是就出现了一些全部接受达尔文理论的狂热的崇拜者（如植物学家华生，他于一八五九年年底写信给达尔文说：“您的主导思想，即‘自然选择’，一定会被当作科学上的确定真理而为人们所接受。它有一切伟大的自然科学真理所具有的特征，变模糊为清晰，化复杂为简单，并且在旧有的知识上添加了很多新的东西。您是本世纪的、甚至是一切世纪的博物学中最伟大的革命者”。）有一些人，他们欢欣鼓舞地对待这个理论的基本原理，但是认为其中某些具有次要意义的细节还存在着弱点。还有一些人，他们一方面接受自然选择理论，但同时又认为这个理论不能解释人的精神能力是怎样产生的，因此他们设想（例如华莱士），这些精神能力是由于超感觉的精神世界的干预才发展起来的。很多人接受了自然选择的意义，但他们对类型的可变性只是部分地予以接受；一种人认为，可变的只是物种，而属是单独形成的；另一种人则认为，可变的是物种、属和科，而不是目和高级单位；第三种人认为一直到纲为止都存在着可变性；而第四种人则认为一直到门都是可变的。达尔文在一封信中写道：“有趣的是，每一个人都想出一个意思，按照这个意思他已经不再同意我的理论了”。
最后，一批声望日益增长的敌视达尔文的读者也在出现。有些人不同意达尔文的理论，但对作者的热爱劳动、对作者真诚的意图、对作者论述问题的严谨性却给以应有的评价；有些人发现达尔文的方法本身存在着一些缺点，指出他的理论�