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我们在这里第一次看到他持续了一生的疾病。其病状是：消化不良、头晕、眼花和易受刺激，这后一种病使他不能参加社交。
关于病因，众说纷纭。当“贝格尔”号还未启航时，达尔文在德文港患的心悸很可能是病的起因。他在“贝格尔”号的他得病的原因。这种看法未必正确，因为不管在海上晕船多么厉害，时间多么久，它也不是在陆上长期患病的原因。查理的父亲认为查理在瓦尔帕来索害的病是他不健康的主要原因。当时的医学虽然还没有查出所有的病因，但是，查理在后来的整个一生中每逢体质减弱时就感到非常难受这一事实说明，在他的血液里存在有病原。
达尔文的儿子弗朗西斯认为达尔文的病是由于先天体质虚弱而造成的。有些医生认为达尔文患的是“神经官能症”或“慢性神经衰弱”。我们认为，达尔文父亲关于“体外病原体”在身体内起了作用的推测可能性最大①。
①当然，这个问题纯粹是医学上的问题，应当由专家们去解决。但是就连医生们关于病因的意见也是极不相同的。
达尔文在繁忙中休息了一个月，他到了施鲁斯伯里和梅尔，甚至到怀特岛拜访了福克司。大概，他在梅尔期间，曾对蚯蚓和蚯蚓对土壤形成的作用作了首次考察。他在一封信中提到，关于蚯蚓对这个过程的作用的思想是他的“舅父乔斯”的。深秋时分，他在地质学会作了一个《关于腐植土在蚯蚓作用下的形成》的报告。无论是在航行期间，还是在这以后的最初几年，一般说来，达尔文虽然首先是一个广义上的“博物学家”，但是他用的时间最多的却是在地质学方面。他从航行中带回了那么多这方面的新东西，那么多用崭新的、没有丧失其战斗意义的赖尔的观点来说明的东西，以致他能够在短时间内就作出很多不同的饶有兴趣的报告。
地质学会很自然地希望这个在地质学方面崭露头角的巨人能参加学会工作，因此打算邀请达尔文担任学会的秘书。达尔文在很长时间内一直婉言谢绝，借口自己在英国地质方面缺乏必要的知识，况且秘书工作要花费大量时间，而这就会把自己的地质著作推迟。但是，一八三八年二月十六日，他终于接受了坚持要他担任的秘书工作。
在此以前，他就为收到即将出版的《日记》校样感到高兴。虽然他也曾对校样中印错了那么多的字而感到生气，但是光滑的纸张和清晰的印刷物使未来的这部书具有一种招人喜欢的外表，给作者留下了这样的印象：有好几个晚上，他默默地、惊讶地凝视着他从印刷厂得到的第一卷的第一页……”他在给汉斯罗的信中对自己成了作家这一点表示惊讶：“即使我活到八十岁，我也不能不为人们把我看成作家而感到惊讶。如果有谁在我旅行之前的夏天说我将成为一个作家的话，这会使我觉得，这是根本不可能的，就象说我要成为一个天使那样的不可能”。
为了不再使用《日记》这一书名，比如说，该书第一版在一八三九年初是以《皇家军舰‘冒险’号和‘贝格尔’号的勘测航行记》（一八二六——一八三六）第三卷这样的形式出版的，它描写了这两只军舰对南美南岸的调查和“贝格尔”号环球航行的情况。《一个博物学家的日记》吸引了读者的注意，同年，报告的出版者科尔伯以特殊的印数出版了（达尔文的）第三卷，取消了总书名，改为这样的标题：《‘贝格尔’号（一八三二——一八三六年）在舰长菲茨·罗伊率领下对访问各国的地质学和自然史的考察日记，查理·达尔文（科学硕士、皇家协会会员、地质学会秘书）》。过了三年，该书又印了一次。关于修订的第二版，我们下面再谈。
正如我所指出的那样，达尔文在一八三七年冬至一八三八年期间，首先考虑的是他在“贝格尔”号旅行时所搜集的动物学和地质学方面的材料，而且当时连关于物种问题的第一个笔记的评语也都有了。例如，后来他在九月间给赖尔的一封信中写道：“最近，我可悲地受到了使我懒惰的诱惑（这是仅就纯粹地质学方面的情况而言），这就是由于大量的·新·观·点经常不断地涌现在我心头而使我懒惰，它们同·物·种问题有关。一本又一本笔记抄满了许多事实，这些事实·清·楚·地（着重号是达尔文加的）聚集在一些次要法则的周围……”我们只是从一本笔记里，大概是从第一本笔记里，知道了达尔文的儿子，达尔文传记的作者弗朗西斯·达尔文所刊印的一些片断。达尔文在从福克司那里得知关于某些动物杂交的情况之后，写信给福克司（六月），表示了如下一种志愿，有朝一日他一定能“在物种和变种这一最复杂的课目中”有所作为。
很可能，如弗朗西斯·达尔文所认为的那样，达尔文就是从这第一本笔记中选取了最有趣的几页；这本笔记中剩下来的和弗朗西斯·达尔文所发表的一切也都是很有趣的。我们现在来谈谈某些笔记。如果在绝灭的和现代的种类之间有什么联系的话（达尔文确信美洲的贫齿动物就有这种联系，此外，澳洲的袋鼠当时也形成了这种联系），那么这种联系就是繁殖。他在笔记中写道：“连续的繁殖说明，为什么现代的动物属于已经绝灭的类型；这是一条几乎已被证明了的规律……如果不改变，它们就会绝灭，象金莱茵特苹果一样；这是物种的一代，象是特殊种族的一代一样……如果一种·物·种产生出其他的·物·种，他们的族就不会彻底灭亡；象用种子进行繁殖的金莱茵特苹果那样，可以继续存在，否则就会全部绝灭”。
这里应当说明，达尔文在引用“金莱茵特苹果”这个比喻时，意味着什么。果树栽培家帕什凯维奇是这样解释这一点的：“金莱茵特苹果”是英国苹果的一个品种，它具有无性繁殖的能力。著名的植物栽培学家怀特提出了关于果树品种的永久性问题，并得出结论说：那些在几个世纪期间靠嫁接来繁殖（无性繁殖）而不更新种植地块的品种（其中包括“金莱茵特苹果”）正在绝种。要使它们不绝灭，就必须用种子进行繁殖。达尔文说，一些物种如果在条件变化的情况下而不发生变化，那就会象无性繁殖而无变化的“金莱茵特苹果”一样而遭到绝灭。
“如果一种物种产生出其它的物种，也就是说，如果它们发生变异的话，它们的族就不会彻底灭亡，因为它们就象用种子进行繁殖的‘金莱茵特苹果’一样而继续存在。”
地理扩展方面的事实也向达尔文提出了进化的说明。为什么在某些地区动物属于一定的类型，这一定有某种原因。为什么羚羊在非洲，而袋鼠却在澳洲？当然，这不是因为有两个不同的创造者，而是因为“羚羊的共同祖先在非洲，而袋鼠的祖先在澳洲”。这不能不使他提出关于现代的贫齿动物和绝灭的贫齿动物之间的种属问题。他在笔记中写道：“我认为，在南美洲，大懒兽弟兄，即现在已经绝灭的犰狳的叔伯可能是所有犰狳的祖先”。但是，绝灭的种类是否总要留下后代呢？他在笔记中接着指出：“如果个体不能繁殖，它就没有后代，物种的情况也是这样。”他指出，古生的马在一个地方留下了后代，这就是现在还生存着的南美洲的斑马，而在北美洲，它却已经绝灭了，没有留下后代。这就很自然地提出了这样的问题：这种绝灭取决于什么呢？他把新的想法记了下来：“至于说到绝灭，那么我们可以很容易地看到，鸵鸟的变种可能适应性很差，因而必将绝灭，或者在另一种情况下，象加拉帕戈斯群岛上的反舌鶫那样，处在有利的条件下而大大地繁殖起来。这一切都依据于这样一个原则：在狭小境域内的繁殖和变化着的条件所引起的不断变异，在适应于这些条件的情况下继续存在和发展。因此，物种的绝灭是由于不适应环境的结果（与美洲的情况相反）。”
弗朗西斯·达尔文指出了这一处文字，虽然他认为这是个“表达得有点含混的”一处文字，但在这里毕竟十分清楚地提出了最适应者得以保存的原则，并注意到，达尔文在了解马尔萨斯学说以前就写出了这个原则。因此，弗朗西斯·达尔文是正确的，他说：“我毫不怀疑，只要他（查理·达尔文）知道生物是相互依附的，并且具有它们的生存条件是残酷的这方面的知识，他的经验就一定会形成为一种理论，有了这种理论，勿须求助于马尔萨斯也能够工作。”
人来源于动物这一点没有使他这个既喜欢野生动物、又喜欢家养动物的博物学家，象许多和他同时代的人（甚至包括赖尔）那样，产生某种厌恶的情感。达尔文写道：“如果让我们任意假设一下的话，那么，动物，即在痛苦、疾病、死亡、苦难和饥饿中的·弟·兄，我们在最艰难的工作中的奴隶，我们在欢乐与共中的同志，——所有这一切也许会使它们通往同我们具有一个共同的祖先这个来源——·会·使·我·们·所·有·的·人·溶·合·在·一·起。。（着重号是我加的——作者注）。”
他在用进化论说明所有生物的历史发展时，同他在进行伟大的总结以前以及进行伟大的总结期间的物理学和天文学方面的状况都进行了对比。他感觉到，他的理论不能不遇到类似的反对意见。他写道：“在万有引力定律发现以前，可以说用一个规律来说明所有星球的运动，正如用一个规律来说明一个星球的运动一样，都是困难的。人们也可能说，这对于所有哺乳动物是一个来源这一点来说似乎什么也没有说明（如果我们打算说明的话）……”“天文学家曾经说过�