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薌man的要求。HL1的故事也就结束了。
我们相信Gman是用一种活体冷冻技术将戈登保护了起来，于是戈登进入了沉睡。
（三）OP
阿德里安所在的部队在进入黑山时，由于遭到异形空中部队的破坏，所以损失惨重，阿德里安也受了伤。一些还不知情的科学家，以为军队到黑山是为了救援，就把阿德里安给救了。但没想到，此时军队已经开始了撤退，而阿德里安正是被遗弃在基地的一名士兵，是Gman拦住了他逃亡的道路。
阿德里安在撤退失败之后，与黑衣部队（BlackOperation）发生了冲突，干掉了护送核弹的黑衣部队成员。并通过λ要塞的封锁缺口混入到λ要塞，与戈登相遇，但没能阻止戈登进入Xen。此时，来自另一个世界的生物X族（Race－X），也已经开始了对黑山基地的进攻。
经过在黑山基地的一天逃亡后，阿德里安再次阻止了黑衣部队引爆核弹，但Gman重新开启了它，摧毁了黑山基地。最后，阿德里安杀死了X族的基因蠕虫（GeneWorm），Gman则将阿德里安囚禁了起来。
（四）BS
实验进行当天，巴尼在C区接受到了维修G区主电梯的任务，但是当天黑山许多设施发生了故障，无奈，巴尼只得步行前往G区主电梯。在完成电梯维修之后，恰逢串联共振现象发生，巴尼所在电梯发生坠落，电梯中所有人员只有巴尼一人侥幸生还。
生还后的巴尼通过废水系统到达了地面，却因为地面上军队的封锁再度回到地下，并从一名重伤的科学家那里得知，要去找到罗森堡博士（Dr。Rosenberg）才能想办法脱身。在经历了一番激战后，巴尼终于找到并救出了罗森堡博士，博士便带着巴尼来到地下一处废弃的实验室与另两名科学家会合，这里有一台老式的传送仪，由于传送仪的原理问题，巴尼被罗森堡等人送到了Xen以便调整仪器。
当巴尼返回地球时，传送仪已经耗尽了电力，于是巴尼再次被罗森堡等人送到地下深处获取一块充满电的电池。
一切准备就绪之后，军队也已经攻入到传送仪附近，但最终，几个人还是在千钧一发之际利用传送仪逃离了黑山。
（五）HL1与HL2的过度
HL1与HL2之间的过度，时间接近20年。
1、文明陷落
在黑山事件之后，Xen生物仍在继续曼延，迅速扩张到全世界，给人类带来了混乱。而真正让人类文明陷落的不是Xen生物，而是一个来自其他空间的星际联盟——联合军（bine）。联合军，并开始策划进攻地球，准备将地球沦为殖民地，人类沦为奴隶。在联合军的精心准备之后，一场大战爆发了。
联合军对地球发动了进攻，战争仅仅持续了7个小时，人类就遭到了惨败，华莱士？布林（WallaceBreen）——过去黑山的管理者——劝告人类尽快投降，以防遭到灭种的危险。结果，联合军仅仅用了7个小时，就占领了地球。布林则成为了联合军的傀儡，负责“管理”地球。
哪里有压迫，哪里就有反抗，人类并不会轻易地就接受来自另一个物种的奴役。人类自发组织了反抗军，与联合军对抗，伊莱与克莱纳等黑山事件幸存的科学家便是反抗军的领导力量，弗地冈也不满联合军的统治，做为有理智的生命，他们与人类结盟，共同反抗联合军的暴政。
2、bine的统治
联合军在控制地球后，开始了一系列殖民措施。
他们首先将人类的城市重新命名为1号城、2号城……在HL2时期，17号城（City17，C17）被设立为首都，联合军的大本营就在这里，布林在HL2时期时就在这里的城堡（Citable）的顶端。为了集中人类的生存据点，联合军在各大城市周围布置了防线，防止Xen生物侵入城市，外界则任凭Xen生物泛滥，这样，大多数人都主动选择了到城市居住，外界则成了Xen生物与反抗军的空间。
联合军还设置了“生殖抑制力场”，使得人类无法生育，剥夺生育权，让人类慢慢的灭绝；他们在人类的饮用水中加入了某种特殊物质，让人类的记忆逐渐消退，有利于人类服从联合军；同时，人类的居住地必须由联合军决定，被来回不断地迁徙，无法定居；反抗联合军的人，被捕后有可能被联合军改造为幽灵（Stalker），为联合军服务；布林通过各种媒体向人类灌输顺从的思想……为了最大限度的吸收人类成员，联合军组建了一个警察组织——国民护卫队（CivilProtectionUnit），他们全由人类中的“叛徒”组成，参与者可以得到好的食物，满足性的需求，这样，大量人类都加入了进来，为联合军效力。国民护卫队成了联合军施行恐怖镇压的一个有效手段。
联合军还制造了用猎头蟹（Headcrab）装填的炮弹用于清剿反抗军。他们向反抗军的据点大量倾泻猎头蟹炮弹后，可使当地的人全都变成僵尸（zombie）或被僵尸杀死。
联合军的军队又称装甲核心部队（Overwatch），装甲核心的部队分类很多，在这不作详细介绍。
（六）HL2
1、英雄归来
Gman再次唤醒了戈登，让戈登挽救被联合军践踏的人类文明。
戈登被送到17号城的火车站，在那里遇到了他曾经在黑山的朋友巴尼（Barney）——现在在国民护卫队做反抗军的卧底。巴尼让戈登去克莱纳的实验室。路上，联合军搜查正在戈登所在街区，是爱丽克斯（Alyx），也就是伊莱的女儿救了戈登。这样，克莱纳、爱丽克斯、巴尼与戈登四个人就聚在了一起，戈登在这里得到了他的新衣服——由克莱纳改进成的HEVⅤ（是罗马数字5，并不是V）型防护衣。正好当天克莱纳与爱丽克斯完成了时空传送机的装配，他们决定利用这个传送机把爱丽克斯与戈登送到伊莱的实验室，结果，在传送戈登时，传送机发生了故障，联合军发现了戈登，戈登不得不徒步沿着运河走到伊莱的实验室了。
联合军发现戈登后，立刻派出了大量部队，整个城堡也处于了戒严状态，由于戈登在铁路沿线出现，所以，全市的国民护卫队几乎都被派到了铁路与运河，随时准备逮住戈登，此处的许多反抗军地下站也被联合军趁机清除掉了。
国民护卫队并没有能阻止戈登，相反，受到了重创。戈登在反抗军的帮助下，弄到了一条汽船。戈登开着汽船，通过了联合军设置的数个关卡，最后到达了坐落于旧水利厂附近的伊莱的实验室——黑山基地东区。在这里他遇到了伊莱、爱丽克斯与莫斯曼。
在黑山东区，戈登获得了重力枪（GravityGun）。正当戈登练习使用重力枪时，联合军对这里发动了突然袭击，由于隧道被堵死，戈登不得不一个人前往已经被僵尸控制的矿场——莱温霍姆（Ravenholm）。在当地的格里高利神父（FatherGrigori）的帮助下，戈登逃出了莱温霍姆，与外界的反抗军取得了联系。
2、反抗
从莱温霍姆出来的戈登，在码头帮助驻守的反抗军与正规部队展开了交火。在反抗军的帮助下，利用无线电与爱丽克斯通了话，得知伊莱已经被捕，关押在大型监狱——诺瓦矿场（NovaProspect）里。爱丽克斯建议戈登走海滨公路到达诺瓦矿场，爱丽克斯自己利用联合军的火车进入，两人约定在诺瓦矿场里碰面。
戈登驾驶着反抗军提供的侦察车穿过了沙滩，上了17号公路。联合军正规军在路上设置了许多关卡拦截戈登，但都失败了。
戈登最后到达了灯塔站，在这里参与了一场防御战，然后到达了诺瓦矿场外围的反抗军据点，一个弗地冈帮助戈登从蚁狮守卫（AntlionGuard）体内取得了信息素囊，教给了戈登使用信息素囊的方法。戈登利用信息素的保护，关闭了诺瓦矿场外围的蚁狮（Antlion）限制器，使得蚁狮通过地下进入了诺瓦矿场，造成了混乱，联合军则通过空中侦察确认了这次行动为弗里曼所为。联合军增派援军，甚至出动了超级部队（SuperArmy），都未能阻止蚁狮。戈登借着乱子，混入了监狱，与爱丽克斯回合。他们找到了伊莱，还发现了伊莱的“情人”莫斯曼（Mossman）是个叛徒，搜查黑山东区的行动就是莫斯曼为联合军提供的情报。爱丽克斯与戈登打算用联合军的时空传送仪逃脱，结果莫斯曼偷偷地利用传送仪把伊莱和自己传送走了。联合军的大军已经逼近，无奈，爱丽克斯与戈登只好重新开启传送仪，逃到了克莱纳的实验室。
等他们到了克莱纳那里，已经过去了一周，虽然他们自己感觉不出来。
在这一周里，反抗军为救出已经转移至城堡的伊莱，发动了起义，17号城已经陷入了战火之中，反抗军在竭力向城堡扑去。爱丽克斯与戈登也加入了战斗的行列。在巷战中，爱丽克斯不幸被捕。
戈登首先穿过了数个街区，与巴尼会合，然后帮助巴尼，关掉了联合军的装甲核心大楼的抑制设备，让更多的反抗军通过前往城堡的街区，最后，戈登在机器人阿狗（Dog）的帮助下，进入了城堡。
3、布林之死
戈登进入城堡不久，就被联合军发现，联合军的武器没收系统没收了戈登的所有武器，但重力枪却被改造成了威力更加强大的武器。戈登使用新的重力枪，横冲直撞，最后到达了一个吊舱中继站。弗里曼明白，在这个偌大的城堡里，想要徒步找到布林真是难上加难，如果想在布林处决伊莱和爱丽克斯之前解决布林，那就只有把自己变成囚犯，让布林主动把他带到自己的办公室，然后再想办法。尽管这样做很危险，而且变数很多，但目前只有这一种方法。于是他毅然选择进入吊舱，被联合军发现并带到了布林的办公室。
在这里，戈登见到了布林、莫斯曼以及被关在吊舱中的伊莱与爱丽克斯，布林要将爱丽克斯与伊莱通过传送门送到联合军的世界，就在这时，莫斯曼由于对伊莱的感情而背叛了布林，布林