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在弗洛伊德担任神经病科医生期间，他的兴趣主要集中在神经病病理学方面。他在这段时间内，曾连续在《医药科学中心杂志》、《解剖学和生理学文库》以及在英国伦敦出版的《大脑》杂志上发表多篇学术论文，受到了神经病理学界的广泛重视。他的论文很快被译成捷克文、英文、意大利文与俄文。
弗洛伊德在神经病学方面的成果是从布吕克生理研究室的工作开始的。虽然当时他的研究专题是鱼类的神经细胞，但已经为他的研究奠定了基础。不论在研究内容和研究方法上，布吕克生理实验室的初期实践都是他的真正科学研究活动的良好开端。后来，梅纳特教授又给了他进一步研究人类高级神经系统病理的机会。一八八五年，在《神经病学中心杂志》发表了弗洛伊德的神经病理学论文，第二篇类似论文发表在同一期刊的一八八六年三月号上，第三篇论文发表在耳科疾病专门研究杂志的一八八六年九月号上。所有这些论文都集中地研究听觉神经的病理学问题。弗洛伊德以五至六个月的胎儿听觉神经纤维为主要解剖材料，进行了严密而细致的分析。这些论文虽然都是研究听觉神经，但弗洛伊德的主要兴趣是第五、第八、第九和第十条头盖神经及它们的三叉神经根，所有这些神经都同脊髓上的后根神经节相对应。
由于弗洛伊德在神经系统组织学和临床方面的经验及研究成果，弗洛伊德在被任命为维也纳大学医学院讲师后不久，被布吕克教授推荐享受一笔为数可观的留学奖学金，前往巴黎，做当时最著名的神经病学专家沙考特的学生。
留学奖学金是二百四十美元，可以足够维持六个月的学习和生活费用。
一八八五年八月底，弗洛伊德经历了三年零一个月的辛勤工作以后，终于离开了维也纳全科医院，前往巴黎。这意味着：他的一般性的初期医学实践结束了，他迈入了一个更加专门的研究领域——神经病学。
一八八五年秋，弗洛伊德到达巴黎。沙考特是医学史上空前未有的神经病学专家，在当时，凡是能做他的学生的人，就等于获得了终生的“护身符”，从此可以通行无阻地出入医学界而受到尊敬。人们会竖起大拇指赞扬沙考特的任何一位徒弟。在沙考特的领导下，法国沙尔彼得里哀尔医院成了举世瞩目的神经病学圣地。弗洛伊德到巴黎后，拜见了他，做他的学生，并在沙尔彼得里哀尔医院实习。
如果说在这以前弗洛伊德研究神经病系统的重点是一般的神经系统病理和组织学的话，那么，从他向沙考特学习开始，他的研究重点就转向神经病治疗学。弗洛伊德到巴黎后，写信给玛莎说：“再也没有别人如此深刻地影响着我，不管我自己是否认识到这个种子会长出丰硕的成果，反正沙考特已成为了我最尊敬的一个学者。”正是在这里，弗洛伊德第一次看到催眠术的神奇功能。第一次看到了精神刺激对于身体的控制作用，以致人的肉体可以不自觉的、无意识地接受精神刺激的摆布。只要出现肉体上的病症，就可以引起各种行为反应，而这些反应都是未经深思熟虑的。弗洛伊德参加了沙考特的一系列实验和讲演，从这时候起，他开始思考着无意识的存在的可能性，而这种无意识的精神活动所起的作用是同有意识的思考根本不同的。以后，我们将会看到，对这种无意识的精神现象的深入研究，成了弗洛伊德的整个精神分析学的基本出发点之一。
弗洛伊德在自己的信中，多次高度赞扬了沙考特的学风和治学精神以及工作态度。弗洛伊德说，沙考特对病人抱着高度的热情，深切地关怀着病人的痛苦。弗洛伊德把沙考特的这种态度同维也纳的医生的麻木不仁的肤皮潦草态度加以对比。在弗洛伊德带回维也纳的一张反映沙考特的工作态度的石版画中，可以看到沙考特正在帮助他的学生和助手扶持一位处于半昏迷状态的女病人。弗洛伊德的大女儿后来说，每当她看到这张图片，总是激起她的上进心和责任感，鼓励着她奋不顾身地去工作。她还说，她爸爸多次指着这张画，教育她要学习沙考特的谦逊、热情和严谨的学习精神和工作态度，以致在她的记忆中留下了永远不可磨灭的印象。
在沙尔彼得里哀尔医院，弗洛伊德集中地研究幼儿的大脑和脊髓的退化现象。他还对一位女病人的尸体进行了详细的病理解剖，发现她所患的半身不遂症（病人从一八五三年起患有此病，至一八八五年才病死）是由于她在三十年前产生了血管栓塞，造成了血管硬化。他在作出上述论断过程中，一共列出了七条站得住脚的理由，并进行了严密的显微镜观察。他善于从多种可能的原因中推断出最可靠、最实际、最真实的理由，然后，他又从多种实际存在的理由中选出最本质、最主要的因素。
为了献身于神经病学的研究，他甚至写信给玛莎说：“你可以相信，当科学与爱情两者具来的时候，我就不得不为科学起见而战胜爱情。”弗洛伊德表示，他要奋不顾身地解决大脑解剖的问题。不然的话，一切都无从谈起。
弗洛伊德还说；“做为一位老师，沙考特是极其完美的鼓舞者，他的每一次讲座部是结构方面和文章方面的典范。他的文体优美而高度完善，他的讲演是如此生动和深刻，以致久久地在耳边留有回音，而他的实验操作过程则可以栩栩如生地在你的眼前保留很多天。”
弗洛伊德还为沙考特翻译论文。在《自传》中，弗洛伊德写道：
有一天我听到沙考特感叹着战后（指普法战争后）还不曾有人把他的讲义译成德文，还说假如有人愿意把他的新讲义翻成德文，他就很高兴。我就写了一封信给他，自愿承担这项工作，我至今还记得那封信里的句子。沙考特接受了我的毛遂自荐。我遂进入了沙考特的个人生活圈子里，而且从那时候开始，我参加了医院里的一切活动。
弗洛伊德是在一八八六年七月完成他的翻译工作的。沙考特的这篇讲义的德文译本比它的法语原文还提早出版了几个月。这个讲义的题目是《关于神经系统疾病，特别是关于歇斯底里病症的新讲义》。为了感谢弗洛伊德的德文翻译，沙考特赠送给他一套他的著作全集，书上还写了如下献词：“献给弗洛伊德医生先生，沙尔彼得里哀尔的最珍贵的纪念。沙考特。”
弗洛伊德从沙考特那里学习到不少东西，而其中最给予他深刻影响的是沙考特关于歇斯底里病症的治疗成果。
弗洛伊德在他的《自传》中说：
和沙考特在一起给我印象最深的，是他对歇斯底里症的最新研究，尤其是有一部分是我亲眼看到的。比方说，他证明了歇斯底里症现象的真实性及其合理性。他指出了歇斯底里症也常常发生在男人身上，并且以催眠暗示等方法引发歇斯底里性的麻痹和强直收缩，从而证明这种人为的歇斯底里症和自发性的症状发作，没有任何细节上的差异。沙考特的许多教范，先是引起我和其他就教者的惊奇，继而发生怀疑，使我们想办法去应用当时的学理以求证实他的学说，而他在处理这一类怀疑时，永远都是那么友善，那么有耐心。但是，他有时也是最武断的一个人。
……在我离开巴黎之前，我曾和这位了不起的人物讨论到把歇斯底里性麻痹同机体性麻痹症作比较研究的计划。我希望能建立一个学说，主张以一般的界限概念，而不是以解剖学上的事实作为划分歇斯底里麻痹症与身体各部分的感觉障碍症的根据。他虽然赞成我这个看法，但显然地，他实际上并无多大兴趣对精神性疾病作进一步的探索。因为他的一切工作的出发点，还是病理解剖学。（见弗洛伊德《自传》）
在沙考特和弗洛伊德研究歇斯底里症以前，人们一般把歇斯底里症看作是一种“伪装”或“拟态”，甚至有人把它说成是一种特殊的“想象”或“假想”。很多医生不愿意花时间去研究歇斯底里症。更可笑的是，医学界往往把歇斯底里症看作妇女病，把它诊断为“子宫的倒错”或阴蒂的病症引起的。因此，在治疗时竞毫无根据地采取切除阴蒂的野蛮手术，或让病人嗅一种叫“缬草”的植物。这种草有特殊的味道，病人闻了以后可以引起一种特殊的反应，引起子宫的收缩。沙考特的卓越贡献就是确定歇斯底里是神经系统的疾病，排除了上述种种荒唐的治疗法。
实际上，“歇斯里底症”这个名称本身就是医学史上的耻辱的痕迹。“歇斯底里”（Hysteria）一词的词根“Hysteron”就是“子宫”，用这个名词来称神经系统的疾病，表明早期医学的无能。弗洛伊德曾在《自传》中谈到一次由“Hysteria”这个病名引起的笑话。那是在他刚从巴黎回维也纳后不久，弗洛伊德向医学会报告自己在巴黎的学习成果。到会的许多人，包括所谓的医学界“权威”，如医学会主席班贝尔格医生，竟宣称弗洛伊德的报告是“无法令人置信”的。当弗洛伊德谈到一位男病人的歇斯底里症时，在座的一位老外科医生，按捺不住叫嚷起来说：“老天！亲爱的弗洛伊德先生，你怎么会讲这些无聊的话呢？Hysteron的意思是子宫，一个大男人怎么会Hysterical（患歇斯底里症）呢？”弗洛伊德回维也纳后甚至不被准许对男歇斯底里症患者进行治疗。
在巴黎学习和研究过程中，弗洛伊德逐渐对巴黎的实验室设备感到不满。一八八六年二月底，弗洛伊德完成了在巴�