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秦乃至周初，增补于汉代，《汉书？艺文志》所以无其名者，或与《汤液》32卷合为一书亦未可知”。说明不是一朝一代一人所著成，但其起源确是始于神农而早于岐黄。
《本经》中“治寒以热药，治热以寒药”的论述，根据症状反应用相对应的药物治疗，反映了经方科学的起源，是根据人患病后出现的症状，以八纲辨证、以八纲辨药，开创了以八纲辨证的经方医学体系。书中更详于记述了365味药物，以四气五味适用于人体患病后，表现出寒、热、虚、实、阴、阳的症状论述，显示了单味药防治疾病的经验，其述证主用寒、热、虚、实、表、里、阴、阳，即八纲理论，标志了经方基础理论的起源。
任应秋老师考证认为，张仲景系《神农本草经》一派，主要依据是两者都是用八纲辨证。《本经》单味药和适应证，实际是单方证，这在《伤寒》可见有相类记载，如一物瓜蒂散方证、百合洗方证、文蛤散方证、矾石汤方证、苦参汤方证、狼牙汤方证、大猪胆汁方证、大乌头煎方证、甘草汤方证、猪肤汤方证、雄黄熏方证等等，这些方证与《本经》一脉相承。后来发展为复方证，其理论仍是用八纲辨证，而不用脏腑五行、经络辨证，对比《本经》与《伤寒》的内容即可清楚。更重要的是，《伤寒》中有许多记载了神农时代的医疗经验，如《伤寒》中多处记载“若被火者”、“若火熏之”、以粥治病、以麻黄汤发汗、以大承气通腑实等治法，标明了汉代对神农时代的继承和批判及弘扬。
皇甫谧《甲乙经序》谓：“是仲景本伊尹之法，伊尹本神农之经”，说明《汤液》、《伤寒》的方证，不论是单方方证还是复方方证，都与《本经》有渊源关系。即说明《伤寒》的方证，起源于神农时代。值得注意的是，《伤寒》方证起源于神农时代，《本经》不仅指方药、方证，更重要的是其理论，即八纲辨证理论，亦起源于神农时代。
《黄帝内经》（下简称《内经》）和《伤寒杂病论》（下简称《伤寒论》）是不同时代的两部中医古籍，《内经》前而《伤寒论》后。两书皆同源于古代的医经，也即以《易》学、阴阳、五行、六气、卫气营血、精气神等为主导，认证皆以四诊、八纲。不同的是，《内经》集古代医学、哲学理论之大成，其中阴阳、五行、六气对后世影响深远，不仅用其推衍疾病的生理、病理、治疗用药，而且用于推衍防病、养生等。由于六经辨证是根据症状反映来分析病情、病性的，所以《伤寒论》的辨证论治的实质：于患病人体一般的规律反应基础上，而适应整体、讲求疾病的通治方法。即《伤寒论》只是根据疾病所反应的症状治病，不再应用《内经》中的五行、六气推衍辨证。
一、五行、六气用舍不同
《素问·玉机真藏论》曰：“春脉者肝也，东方木也，万物之所始生也。故其气来耎弱轻虚而滑，端直以长，故曰弦，反此者病，其气来实而强，此谓太过，病在外；其气来不实而微，此谓不及，病在中。太过则令人善忘，忽忽眩冒而巅疾；其不及则令人胸痛引背，下则两胁胠满。夏脉者，心也，南方火也……”。《素问·金匮真言论》曰：“东方青色，入通于肝，开窍于目，藏精于肝，其病发惊骇。其味酸，其类草木，其畜鸡，其谷麦，其应四时，上为岁星，是以春气在头也，其音角，其数八，是以知病之在筋也，其臭臊。南方赤色，入通于心……”。《素问·阴阳应象大论》曰：“东方生风，风生木，木生酸，酸生肝，肝生筋，筋生心。肝主目，其在天为玄，在人为道，在地为化，化生五味，道生智，玄生神，神在天为风，在地为木，在体为筋，在脏为肝，在色为苍，在变动为握，在窍为目，在味酸，在志为怒，怒伤肝，悲胜怒，风伤筋，燥胜风，酸伤筋，辛胜酸。南方生热，热生火，火生苦，苦生心……”。这种用五行、六气联系人体五脏生理病理的论述，在《内经》里非常多，这种理论在中国（更确切地说在中原），经后世发展得丰富多彩，其理论也多歧纷纭。其特点是具有地域性和推衍性，有时根据疾病症状的表现，有时更注重根据季节、气候、地域等。
已知《伤寒论》的主要方证来自于《汤液经方》（下简称《汤液》），值得注意的是，仲景撰用《汤液》中60个方证，其中39个为大小五脏补泻方证，是脏腑辨证论治的典范，而且在《辅行诀脏府用药法要》中还着重介绍了《五味补泻体用图》，并指出：“在天成象，在地成形，天成五气，化成五味，五味之变，不可胜数。今者约列二十五种，以明五行互含之迹，以明五味变化之用”。可知《汤液》也用五行理论指导五脏辨证。但张仲景撰用了39个方证，却绝然不再用其脏腑补泻名，如小泻肝汤改名为枳实芍药散、大泻肝汤改称为大柴胡汤、小补心汤改称栝楼薤白半夏汤、大补心汤改称为枳实薤白桂枝汤、小补脾汤改名为理中汤、建中补脾汤改名为小建中汤、小泻脾汤改称为四逆汤……值得注目的是，有的虽用其名，但其适应证已不是脏腑概念。如小泻心汤改名为泻心汤，其适应为“心气不定（足），吐血衄血”的阳明里实热证；又如小泻脾汤其适应证为：“治脾气实，下利清谷，里寒外热，腹冷，脉微者。”《伤寒论》改名为四逆汤，其适应证为：“脉浮而迟，表热里寒，下利清谷。”这里很明显，张仲景抛弃了五行五脏理论，跳出五行外，而主用八纲辨证。全书的主要内容是以六经辨证和辨方证，其六经是指太阳、阳明、少阳的三阳，和少阴、太阴、厥阴的三阴而言。论中虽称之为病，其实即是证，而且来自八纲，具体内容即其提纲，即“太阳之为病，脉浮头项强痛而恶寒。”“阳明之为病，胃家实是也。”“少阳之为病，口苦、咽干、目眩也。”“少阴之为病，脉微细，但欲寐也。”“太阴之为病，腹满而吐，食不下，自利益甚，时腹自痛，若下之，必胸下结硬。”“厥阴之为病，消渴，气上撞心，心中痛热，饥而不欲食，食则吐蛔，下之利不止。”《伤寒论》是先辨六经，再辨方证，无须再用五行五脏理论。因此，章太炎先生称：“不拘五行生克之论者，盖独仲景一人耳。”又说：“自《素问》、《难经》以五行内统五脏，外贯百病，其说多附会。逮仲景作，独《伤寒论》平脉篇、《金匮要略》首章一及之，余悉不道……。”这里要明确：《伤寒论》中的平脉篇、《金匮要略》的首章是王叔和所加入，由此，也更可知《伤寒论》不用五行、六气理论。
二、治疗理念不同
（一）五元论和一元论不同：
《内经》以五脏五行、经络流注为生理基础，论病则以其五脏六气变化为主。其特点重视五行、六气，五脏附会五行，如“病之生变，气相得则微，不相得则甚；气有余则制己所胜而侮所不胜，其不及则己所不胜侮而乘之，己所胜轻而侮之”（《素问·五运行大论》）。从多方面论述病因病机，治疗不但治本脏病，还要考虑生克的脏腑。即临床辨证治疗可从五个方面考虑，也即遇一病（证）时，既可从心论治，也可从脾论治，也可从肾论治，也可从肝论治，也可从肺论治，因此，辨证论治是五元论。
《伤寒论》以六经辨证，再辨方证，即凡遇病（证）先辨六经所属，治疗时再辨方证，有是证，用是方，用是药，与《内经》五种可能显然不同，因此，《伤寒论》是一元论。
（二）重病因与重症状不同
《内经》偏重于病因病机辨证，如“风寒湿三气杂至，合而为痹也”（《素问·痹论》）；“寒气客于脉外，则脉寒”（素问·举痛论），如“诸风掉眩，皆属于肝。”“诸寒收引，皆属于肾。”“诸湿肿满皆属于脾。”（《素问·至真要大论》）“春伤于风，邪气留连，乃为洞泄”（《素问·生气通天论》）。“先伤于风，而后伤于寒，故先热而后寒也”（《素问·疟论》）。因而临床注重于病因病机辨证，治疗多推衍脏腑经络的虚实寒热表里阴阳、具体致病之外邪，如风寒朿表（肺），用辛温解表（宣肺）；如风热束表（肺），治用辛凉解表（宣肺）。又往往根据气候、季节而判定外邪的属性而指导治疗，如秋冬多为风寒束表，多宜辛温；春夏多为风温犯表，多宜辛凉。
《伤寒论》的辨证主要依据人体患病后所反映出的症状特点、病情、病性，也即形成的证来治病，针对的是证的寒热虚实表里阴阳，不推论经脉流注、致病具体外邪。凡在表者发汗解表，阳热实证（太阳病）无汗者，用麻黄类方药，有汗者，用桂枝类方药；阴寒虚证（少阴病）无汗者用麻黄附子甘草汤，有汗者用桂枝加附子汤。即是说多用辛温解表，没有辛凉解表之方，只有在里热、阳明里热时方用辛凉清里，而不是解表。更重要的是，六经概念不同而治疗不同：《内经》谓：“三阳经络皆受其病，而未入于脏者，故可汗而已”。即认为三阳病皆可用汗法。而《伤寒论》的少阳病治用和法；阳明病治用清里热法，皆忌用汗法。对三阴的治疗更明显不同，《内经》谓：“三阴三阳五脏六腑皆受病……其未满三日者，可汗而已，其满三日者，可泄而已”。《伤寒论》的三阴病，除少阴病用汗法外，太阴、厥阴皆忌用汗法和泄下法。
（三）治分内伤和外感不同
《素问·通评虚实论》曰：“邪气盛则实，精气夺则虚”。《内经》有很多篇章论述了五脏虚损造成的各种无外邪的虚劳病证及外邪造成的邪实之证，在后世衍变为内伤病和外感病，治疗分成补虚和祛邪截然分明。《伤寒论》的六经是人体患病后正邪相争反映出的六种证候，因以疾病反映出的症状为辨证、治疗依据，不把疾病分为内伤和外感。治疗时多宗扶正祛邪，如太