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是因为他在上课时要引证很多史料。进入教室后，即打开所携带的包袱拿出书来，他把需要的主要史料一条条一字不略地写在黑板上，供学生抄录，总是写满整个黑板，然后坐下来，开始讲解，声音不高，又往往闭目授课。如果不集中精神注意他所讲的内容，自然感觉不出其中的精彩来。但是，若能够注意讲解，领悟内容，就可以知道，闭目授课是正在凝神运思的方式或模范，对下面听讲的学生也有激发思想的作用。他经常告诫学生，有一份史料就讲一分话，没有史料就不能讲，不能空说。给学生指导论文的时候，他总是预先警告，文字务必精简，若太冗长，必有浮滥，他表示不愿意批阅类似的论文。为人师表，他身体力行，以身作则，在讲课的时候，总是凭借史料说话，在提出了充分的史料之后，他才会讲课，这形成了他多年的教书习惯。这些原则和授课方法对他的诸多弟子产生了深远的影响。
依照向来成例，在联大陈寅恪每学年都开两个课程，一是文学课程，一是史学课程，每个课程每次各两个小时。但课程名目内容，则逐年更易，就史学课程来说，是“魏晋南北朝史”与“隋唐史”交替。陈寅恪到昆明的第一年，开的是“魏晋南北朝史”，在大西门外昆华农校大楼西北角楼上与公路隔墙相对的一间教室上课。在课堂上，他安排的课程都是专题研究性质的，只讲授自己在课程范围内的研究成绩，对于一些自己已经写成论文发表了的，他一般不会再讲。在国难南渡西迁以后，于“魏晋南北朝史”课程的第一课，陈寅恪先讲述的是一个关涉东晋南渡的故事，这并不是巧合，而是他面对当时南渡西迁局面下的特意安排，所以不循往例，将自己在1933年发表的论文《支愍度学说考》，对学生讲授了一次。南渡第一课讲授这一题目，借题表达出自己忠于学术良心，不妄立新义而藉以曲学阿世或哗众取宠的思想。忠于学术良心的精神，秉持“伧道人寄语支愍度”之义，在为陈垣所著《明季滇黔佛教考》而撰写的序文中就有所表示。该序文在论宗教与政治终不能无所关涉以后，即引述支愍度南渡后伧道人寄语故事，而有下列一段：
（引述伧道人致语支愍度一段略去）忆丁丑之秋，寅恪别先生于燕京，及抵长沙，而金陵瓦解。乃南驰苍梧瘴海，转徙于滇池洱海之区，亦将三岁矣。此三岁中，天下之变无穷，先生讲学著书于东北风尘之际，寅恪入城乞食于西南天地之间，南北相望，幸俱未树新义，以负如来。
读者从故事中的内涵，能够领悟到一些深意。寅恪毕生研究，著书立说，无非阐发新义，则必然深刻感知到世上诸多违反民族文化传统的种种新义。他心中的“如来”即华夏民族历代未悖“常”道的先贤们，至于他对支愍度故事的意兴，从初至蒙自“渡江愍度饥难救”和逃离香港抵桂林时后的“江东旧义饥难救”等诗句中，都有所体现，这些也是陈寅恪对于抗战时期实况的切身感触。①
这一时期尽管生活条件十分困难，工作环境极其恶劣，又加上体弱多病，但是陈寅恪一直坚持教学和研究工作，并做出了不俗的成绩。1937年到1938年间完成的论文有：《逍遥游向郭义及支遁义探原》、《敦煌石室写经题记汇编序》、《狐臭与胡臭》、《论李怀光之叛》、《庾信哀江南赋与杜甫咏怀古迹诗》。《陈垣明季滇黔佛教考序》、《顺宗实录与续玄怪录》、《读洛阳伽蓝记书后》。还有《读通志柳元景沈攸之传书后》一篇未成。
陈寅恪在昆明西南联大授课之余，也已经开始起草《隋唐制度渊源略论稿》。虽然在逃难的路上遗失了不少宝贵的手稿资料，但是陈寅恪一丝也没有放弃深入研究的希望，他以手边幸存的眉注本《通典》为基础，于1939年完成了《隋唐制度渊源略论稿》一书。①但是由于日寇横行，国运危急，书成后的印刷工作又遭遇种种困难，这一切对陈寅恪的著书事业造成了极大的破坏和打击。刚开始准备寄往上海商务印书馆印行，不幸稿子遗失。后来又交由香港商务印刷，又遭到了日寇残暴烧毁。后来我们见到的重庆商务出版的版本，并不是陈寅恪最初的定稿，它是由历史语言研究所同志根据旧稿凑成的。不管怎么样，经历了如此的波折，这部著作得以保护下来以让后来者共享，给身处苦涩中的陈寅恪带来了一丝安慰。
陈寅恪以中古史为专业，其中以唐史研究之成果最为丰硕。陈寅恪还认为，民族和文化问题是治中国中古史之最要关键。在这方面的论著中发挥了“有教无类”的观点，他以综合的方法研究民族融合，既着眼于社会政治，又强调文化的重要作用，为前人所未及。
《隋唐制度渊源略论稿》为若干专题的综合研究，包括《礼仪》（附都城建筑）、《职官》、《刑律》、《音乐》、《兵制》、《财政》，加上《叙论》和《附论》，一共八章。涵盖了魏晋南北朝史、隋唐史、民族学、社会学、考古学、文化史、语言文字学等与中古史相关的诸多领域，显示了他对中国传统文化内涵、中西文化的关系、种族与文化的界定、胡化汉化的实质等问题的高标卓识。《隋唐制度渊源略论稿》本不是为西域史立论，然通观各篇，与西域史研究有关的考索和证述却比比皆是，无处不在。无论是“中学为体，西学为用”的精彩阐释，还是“在文化不在种族”的独到见地，对西域史研究来说都堪称经典。全书的主旨正如《叙论》中所言：“兹综合旧籍所载及新出遗文之有关隋唐两朝制度者，分析其因子，推论其源流，成此一书。”②他精细入微考察了隋唐时期的主要制度，从礼仪开始，发其源而究其变，备述职官，刑律，音乐，兵制，财政各项制度渊源流变，分析东西南北各地域间文化输转的保存关系，提出关于“关陇集团”的概念，为后学提示了宏观把握西魏、北周、隋代至初唐历史发展基本线索的关键，具有重要的学术意义。首先点明隋唐制度的源流有三：第一是北魏北齐，二是梁陈，三是魏周。而魏齐的源流则含有东晋南朝前半期的因子，以及保存于河西凉州一带的汉文化；梁陈则为南朝文化因子的总结；魏周则系鲜卑野俗加上魏晋遗风的关陇文化。这一“三源流说”是陈寅恪的发现，也是他写作全书的理论基础。
陈寅恪能够把敏锐的观察力与缜密的思考力相结合，利用习见的史料，在政治、社会、民族、宗教、思想、文学等许多方面，发现别人从未注意到的联系与问题，从现象深入本质，做出了新鲜而令人折服、出乎意料之外而又入乎意料之中的解释。陈寅恪善于从小见大，在魏晋南北朝史研究方面虽没有写出像《隋唐制度渊源略论稿》那样综观全局、建立框架的论著，但除了经济而外许多重要方面的大问题都接触到了。陈寅恪长于贯通和观察发展变化。如从南北时朝分别找出唐代各种制度的渊源。他的魏晋南北朝时期史研究与唐史研究是相辅相成，互相促进的。魏晋南北朝历来被认为是中国历史上的分裂时期，也是民族大融合时期。中国传统文化虽然在中原地区暂时受到战乱的影响和冲击而有所失坠，但是，在与异族文化相遇、相撞的过程中，传统学术文化依然找到了自己生存和发展的空间。在与异族文化相融、相合的过程中，不仅没有因此而失去自我，反而使之更加丰富多彩，充实深邃并得到发扬光大。作为我国中古极盛之世的隋唐两朝，其广博纷繁的文物制度正是有赖于此而形成和建立起来的。陈寅恪先生关于河西文化的论说，揭示了中古时期传统学术文化绵延一脉而传承不坠的真谛，具有开拓之功。陈寅恪关于河西文化的论说对于西域史研究的启发意义在于以他的学术眼光去观察西域地区的文化面貌，通过透视汉族传统文化在多元的西域文化中的地位以及西域对汉族文化的认同程度，有一种山重水复后，于光亮中触摸到你正在寻找的那一方土地的感觉。
陈寅恪对佛经翻译、校勘、解释，以及对音韵学、蒙古源流、李唐氏族渊源、府兵制源流、中印文化交流等课题的研究，均有重要发现。1938年日本史学权威白鸟库吉研究中亚史遇到疑难问题，向德、奥知名学者求助，未能解决，柏林大学乃推荐陈寅恪。他向陈寅恪请教后，才得到满意解答。苏联考古学家发掘一突厥文碑石，无人能辨识，请教陈寅恪，终于得到准确破译。
1939年，陈寅恪已是知天命之年，这年暑假本来打算应英国牛津大学汉学教授之聘，可是由于当时的国内外局势没有去成，在同年的秋季重返昆明授课。在告别妻儿时作诗《己卯秋发香港重返昆明有作》云：
暂归匆别意如何，三月昏昏似梦过。
残剩河山行旅倦，乱离骨肉病愁多。
狐狸埋 催亡国，鸡犬飞升送逝波。
人事已穷天更远，只余未死一悲歌。①
1939年秋天开始的学年，陈寅恪讲授“隋唐史”与“佛经翻译文学”两门课。“佛经翻译文学”这一堂课的课堂，在大西门内文林街昆华中学南院悬有“南天一柱”的大殿。听讲的人却是屈指可数，大概是因为这门课比较深刻难懂的原因。陈寅恪通晓好多已经废死的东方民族古代文字。开课之初，就说魏晋以后至唐代间各家所译佛经，若将梵文原本或藏文译本对核，即易发现其误解原文因而误译之处，好像看学童们的考卷。谈到佛经，一般知识分子，除非兼是信徒，大都茫然。唯《维摩诘经》则有其特别的通俗性。由于《维摩诘经》饶有文学兴趣，故陈寅恪即首举该经，从其中举例说明。盖佛经为阐发哲理之助，向多藉故事譬解，原具文学意味，该经出自大乘兴盛之后，较少拘束，尤便自由发挥之故。②
这年�