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大体言之：今文家说，都系师师相传。古文家说，则自由研究所得。不为古人的成说所囿，而自出心裁，从事研究，其方法似觉进步。但（一）其成绩并不甚佳。又（二）今文家言，有传讹而无臆造。传讹之说，略有其途径可寻，所以其说易于还原。一经还原，即可见古说的真相。其未曾传讹的，自然更不必说。古文家言，则各人凭臆为说，其根源无可捉摸。所以把经学当作古史的材料看，亦以今文家言价值较高。
然古学的流弊，亦可说仍自今学开之。一种学术，当其与名利无关时，治其学者，都系无所为而为之，只求有得于己，不欲眩耀于人，其学自无甚流弊。到成为名利之途则不然。治其学者，往往不知大体，而只斤斤计较于一枝一节之间。甚或理不可通，穿凿立说。或则广罗异说，以自炫其博。引人走入旁门，反致抛荒正义。从研究真理的立场上言，实于学术有害。但流俗的人，偏喜其新奇，以为博学。此等方法，遂成为哗世取宠之资。汉代此等风气，由来甚早。《汉书·夏侯胜传》说：“胜从父子建，师事胜及欧阳高，左右采获。又从五经诸儒问与《尚书》相出入者，牵引以次章句，具文饰说。胜非之曰：建所谓章句小儒，破碎大道。建亦非胜为学疏略，难以应敌。”专以应敌为务，真所谓徇外为人。此种风气既开，遂至专求闻见之博，不顾义理之安；甚且不知有事理。如郑玄，遍注群经，在汉朝，号称最博学的人，而其说经，支离灭裂，于理决不可通，以及自相矛盾之处，就不知凡几。此等风气既盛，治经者遂多变为无脑筋之徒。虽有耳目心思，都用诸琐屑无关大体之处。而于此种学问，所研究的，究属宇宙间何种现象？研究之究有何益？以及究应如何研究？一概无所闻见。学术走入此路，自然只成为有闲阶级，消耗日力精力之资，等于消闲遣兴，于国家民族的前途，了无关系了。此等风气，起于西汉中叶，至东汉而大盛，直至南北朝、隋唐而未改。汉代所谓章句，南北朝时所谓义疏，都系如此。读《后汉书》及《南北史》《儒林传》，最可见得。古学既继今学而起，到汉末，又有所谓伪古文一派。据近代所考证：王肃为其中最重要的一个人。肃好与郑玄立异，而无以相胜。乃伪造《孔子家语》，将己说窜入其中，以折服异己，经学中最大的《伪古文尚书》一案，虽不能断为即肃之所造，然所谓《伪孔安国传》者，必系与肃同一学派之人所为，则无可疑。《伪古文尚书》及《伪孔安国传》之伪，至清阎若璩作《古人尚书疏证》而其论略定。伪之者为那一派人，至清丁晏作《尚书余论》而其论略定。此即由当时风气，专喜广搜证据，只要所搜集者博，其不合理，并无人能发觉，所以容得这一班人作伪。儒学至此，再无西汉学者经世致用的气概。然以当时学术界的形势论，儒学业已如日中天。治国安民之责，在政治上，在社会上，都以为惟儒家足以负之。这一班人，如何当得起这个责任？他们所想出来的方案，无非是泥古而不适于时，专事模仿古人的形式。这个如何足以为治？自然要激起有思想的人的反对了。于是魏晋玄学，乘机而起，成为儒佛之间的一个过渡。
魏晋玄学，人多指为道家之学。其实不然。玄学乃儒道两家的混合。亦可说是儒学中注重原理的一派，与拘泥事迹的一派相对立。先秦诸子的哲学，都出自古代的宗教哲学，大体无甚异同，说已见前。儒家之书，专谈原理的是《易经》。《易》家亦有言理言数两派。言理的，和先秦诸子的哲学，无甚异同。言数的，则与古代术数之学相出入。《易》之起源，当和术数相近；孔门言易，则当注重于其哲学；这是通观古代学术的全体，而可信其不诬的。今文《易》说，今已不传。古文《易》说，则无一非术数之谈。《汉书·艺文志》：易家有《淮南·道训》两篇。自注云：“淮南王安，聘明《易》者九人，号九师说。”此书，当即今《淮南子》中的《原道训》。今《淮南子》中，引《易》说的还有几条，都言理而不及数，当系今文《易》说之遗。然则儒家的哲学，原与道家无甚出入。不过因今文《易》说失传，其残存的，都被后人误认为道家之说罢了。如此说来，则魏晋玄学的兴起，并非从儒家转变到道家，只是儒家自己的转变。不过此种转变，和道家很为接近，所以其人多兼采道家之学。观魏晋以后的玄学家，史多称其善《易》《老》可知。儒学的本体，乃以《易》言原理，《春秋》则据此原理，而施之人事。魏晋的玄学家，则专研原理，而于措之人事的方法，不甚讲求。所以实际上无甚功绩可见，并没有具体可见之施行的方案。然经此运动之后，拘泥古人形式之弊遂除。凡言法古的，都是师其意而不是回复其形式。泥古不通之弊，就除去了，这是他们摧陷廓清莫大的功绩。玄学家最重要的观念，为重道而遗迹。道即原理，迹即事物的形式。
从新莽改革失败以后，彻底改变社会的组织，业已无人敢谈。解决人生问题的，遂转而求之个人方面。又玄学家探求原理，进而益上，其机，殊与高深玄远的哲学相近。在这一点上，印度的学术，是超过于中国的。佛学遂在这种情势之下兴起。
佛，最初系以宗教的资格输入中国的。但到后来，则宗教之外，别有其学术方面。
佛教，普通分为大小乘。依后来详细的判教，则小乘之下，尚有人天；专对人天说法，不足以语四圣。见下。大乘之中，又分权实。所谓判教，乃因一切经论，佛所说谓之经，菩萨以下所说谓之论。僧、尼、居士等所应守的规条谓之律。经、律、论谓之三藏。立说显有高低，所以加以区别，说佛说之异，乃因其所对待的人不同而然。则教外的人，不能因此而诋佛教的矛盾，教中的人，亦不必因此而起争辩了。依近来的研究：佛教在印度的兴起，并不在其哲学的高深，而实由其能示人以实行的标准。缘印度地处热带，生活宽裕，其人所究心的，实为宇宙究竟，人生归宿等问题。所以自古以来，哲学思想即极发达。到佛出世时，各家之说，所谓外道。已极高深，而其派别亦极繁多了。群言淆乱，转使人无所适从。释迦牟尼出，乃截断无谓的辩论，而教人以实行修证的方法。从之者乃觉得所依归，而其精神乃觉安定。故佛非究竟真理的发见者，中国信佛的人，视佛如此。而为时代的圣者。佛灭后百年之内，其说无甚异同。近人称为原始佛教。百年之后而小乘兴，五六百年之后而大乘出，则其说已有改变附益，而非复佛说之旧了。然则佛教的输入中国，所以前后互异，亦因其本身的前后，本有不同，并非在彼业已一时具足，因我们接受的程度，先后不同，而彼乃按其深浅，先后输入的了。此等繁碎的考据，今可勿论。但论其与中国文化的关系。
佛教把一切有情，分为十等：即（一）佛，（二）菩萨，（三）缘觉，（四）声闻，是为四圣。（五）天，（六）人，（七）阿修罗，（八）畜生，（九）饿鬼，（十）地狱，是为六凡。辗转于六凡之中，不得超出，谓之六道轮回。佛不可学，我们所能学的，至菩萨而止。在小乘中，缘觉、声闻，亦可成佛，大乘则非菩萨不能。所谓菩萨，系念念以利他为主，与我们念念都以自己为本位的，恰恰相反。至佛则并利他之念而亦无之，所以不可学了。缘觉、声闻鉴于人生不能离生、老、病、死诸苦。死后又要入轮回；我们幸得为人，尚可努力修持，一旦堕入他途便难了。畜生、饿鬼、地狱亦称三途，不必论了。阿修罗神通广大，易生嗔怒；诸天福德殊胜，亦因其享受优越，转易堕落；所以以修持论，皆不如人。所以觉得生死事大，无常迅速，实可畏怖，生前不得不努力修持。其修持之功，固然坚苦卓绝，极可佩服。即其所守戒律，亦复极端利他。然根本观念，终不离乎自利，所以大乘斥其不足成佛。此为大小乘重要的异点。亦即大乘教理，较小乘为进化之处。又所谓佛在小乘即指释迦牟尼其人。大乘则佛有三身：（一）佛陀其人，谓之报身，是他造了为人之因，所以在这世界上成为一个人的。生理心理等作用，一切和我们一样。不吃也要饿，不着也要冷，置诸传染病的环境中，也会害病；饿了，冷了，病重了，也是会死的。（二）至于有是而无非，威权极大。我们动一善念，动一恶念，他都无不知道。善有善报，恶有恶报，丝毫不得差错。是为佛之法身，实即自然力之象征。（三）一心信佛者，临死或在他种环境中，见有佛来接引拯救等事，是为佛之化身。佛在某种环境中，经历一定的时间，即可修成。所以过去已有无数的佛，将来还有无数的佛要成功，并不限于释迦牟尼一人。大乘的说法，当他宗教信，是很能使人感奋的。从哲学上说，其论亦圆满具足，无可非难。宗教的进化，可谓至斯而极。
佛教的宇宙观，系以识为世界的根本。有眼、耳、鼻、舌、身、意，即有色、声、香、味、触、法。此为前六识，为人人所知。第七识为末那，第八识为阿赖耶，其义均不能译，故昔人惟译其音。七识之义，为“恒审思量，常执有我”。我们念念以自己为本位，一切现象，都以自己为本位而认识。一切利害，都以自己为本位而打算。即七识之作用。至八识则为第七识之所由生，为一切识的根本。必须将他灭尽，才得斩草除根。但所谓灭识，并不是将他铲除掉，至于空无所有。有无，佛教谓之色空。色空相对，只是凡夫之见。佛说则“色即是空，空即是色”。如在昼间，则昼为色，夜为空。然夜之必至，其确实性，并不减于昼之现存。所以当昼时，夜之现象，虽未实现，夜之原理，业已存在。凡原理存在者