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第一卷中：有开示遍主金刚持密宗道次第所有要义的上集十章和上三部灌顶及后加支分等。
第二卷中：有续第一卷帙未完部分的第十一章、开示结合二次第当修菩提、密集修法清净瑜伽次第、深明灌顶之义、圆满次第五次第圆满座之直观导修法、往生合修之教授秘诀、五次第摄要、释续金刚鬘之记录等。
第三卷中：有显明密集之要义、金刚念诵、现证菩提、自我加持、无上密意笔录、二十种仪轨之根源、道中学习法、开示难义要扼颂、智慧金刚集广解、释续联贯法等。
第四卷中：有明灯论之释注等。
第五卷中：有辨析大宝苗、解说摄义、阐明真实性合解、二十一小注及零散篇、依照基本仪轨舞蹈鬘的密意及密集第一品释论的笔录、文殊金刚曼荼罗仪轨、成就法文殊密意显明论等。
第六卷中：有密集教授五次第明灯论、二次第修法之语教笔录等。
第七卷中：有密集生起次第、四百五十门类、修法句义略录、选辑了义与不了义的咒语及加持仪轨等之笔录、密集金刚萨埵念诵次第、难义扼要笔录、大力明王法门求雨法、马头金刚法门散云法（即求晴法）、十大忿怒明王之笔录、能怖金刚胜伏魔军、十三尊修法、四十九尊修法、内外改正、黑敌修法、阎罗曼德迦仪轨宝鬘、能怖金刚护魔法悉地海、文殊和威法门守护灾障和延寿等教授、四字守护法、四字之教授秘诀、左右中三脉与阎摩合修法、大成就者伯真的真实性四解、内脉轮与阎摩合修法、大轮现证法、曼荼罗仪轨等。
第八卷中：有胜乐略续解说隐义普隐论、五次第解说隐义开眼论、曼荼罗仪轨及圆满次第大瑜伽导释次第略论、鲁哼巴传规曼荼罗仪轨、此传规的修法大乐显明论等。
第九卷中：有胜乐现证解说如意牛、圆满次第悉地穗、外供仪轨笔录、供鬘和执铃派传规之修法、念诵仪轨次第、身曼荼罗、仪轨宝库、五次第指导、金刚空行解说笔录、初十日供养法、教授花穗类、无畏释论等之笔录。
第十卷中：有那若六法导释修行略法、圆满次第、呼金刚续及无我母曼荼罗修法、第二品等之笔录、红色空行母之修法、唯一本尊之义解说、和合八品之第三节、开启往生之金门、六支瑜伽、六支之义解说、时轮无二续及现观灌顶六支瑜伽所需诸事之笔录、死日及超寿解说、六支瑜伽及修者四印之笔录、圆满次第略要指导、界历算法、禅定后续、四种极密、八大成就者之住世情况笔录等。
第十一卷中、有无垢光之难义扼要分类、时轮总义、时轮略释、金刚界土地仪轨、金刚萨埵念修次第、金刚顶曼荼罗仪轨等之笔录、行续义注解、曼荼罗仪轨续义显明轮，文殊修法、事、行二部总建立、光明佛母、叶衣母、妙音母、秽积金刚等之修法、三十五佛现观法、北俱卢洲长寿修法、广略开光法等。
第十二卷中：有事师五十颂注疏、密行悉地穗、上二部戒律还净法、根本智论释智理海、正见指导、庄严论之笔录等。
第十三卷中：有入中论释密意显明论、庄严论备忘录、六十理论、智慧品诸义笔录、应成与自续两派之差别、二谛、八种难义扼要笔录等。
第十四卷中：有现观庄严论释金鬘论中第一品三种解说。
第十五卷中：有后五品的解说、菩提心戒解说、菩提正道等。
第十六卷中：有菩提道次第广论中的下、中两士共通道次中菩萨行修学法及止观诸品等。
第十七卷中：有菩提道次第略论、上士之类别、辨了不了义嘉言心要、二十僧伽、心性普贤释等。
第十八卷中：有集学论笔录、因明备忘广录、现实历算备忘录及注释、海戒略要及注释、训诲教言朗哲顶玛详略两种、戒律论、圆净事（即基）三种仪轨别解脱取舍略论、闻法笔录片段、度量细观明镜、书函两件、著作拾零等。
未刻板刊行者，现今流通本极为罕见。敬师和日隐所著量释论，（大师）依应成派著有注释，又著有辨了不了义之唯识派见之笔记、心色难义扼要略作抉择、诸首要弟子所作笔录、现观庄严论难义扼要释、二十僧伽法类、慈氏诸论之数目和次第、修行道次第编排情况、密法类密集口诀零散笔记、绛央却杰所作密集法类笔记、其他弟子所作时轮总义笔记、六支瑜伽等；还有往生导修等方面的许多论述，但大都罕见流通本。因此，成为如地下秘藏那般难睹了。如是的一切著述，毫无未加思察和率尔而说之之弊，也无与教理相矛盾之错误，可以说一句也是没有的。完全是为诸圣者所喜悦的嘉言著述。如一切智克珠杰的著述中说：“如获佛所悬记的开启大车轨之规的诸师所著诸经论那样，其他智理自在诸师任作几许观察，也不能观察出有丝毫前后承许之矛盾等的垢秽那样，宗喀巴大师所著的解释显密经教的论典，虽有很多，但是一切论典中，绝无为了这是我们善知识的语教的原因，认为是自己的思想，而作捏造和虚构；也无被嫉妒的毒泉麻醉，而全由有罪的意乐作无端诋毁之语句。那怕是用无垢智理道中所生才智作何许细察，都感觉大师的著述，是与任何上、下密续、大小两乘、各别宗派等之经论的旨意相符合的，而无其它不正的言论。这是由大师著述中的教理而显见的。或以彼宗规作为根据也考察不出大师著述中，有如此这般自相矛盾的丝毫过失。这是由真实所成的，大师的智理确是纯洁的。因此之故，由这些情况看来，往昔西藏出现的诸大人物，那怕是如何的善巧优越，以美誉名声之幡而为庄严。但是若细察其各自的论著时，纵是以彼宗规作为根据，也能多次地见其有自相矛盾的过失。因此，令我（克珠杰）深信宗喀巴大师这位善知识，坚忍创出的优越才能和智慧，是过去此间雪山丛中（西藏）一次也未出现过的。这是现量所成的事实。真实是这样，大师任作何许的多闻，都能在心中修习，并作为要点去修行。因此，对于大师现证戒、定、慧三学之功德的支分来说，是难与比拟的。这是更为难量的功德蕴聚啊！”
还有桑桑勒仁巴·奇麦饶杰的著述中说：“大师所著诸论著，凡是有智慧和才能，而且是正直的善知识，或有敬信者，一再阅读大师的著述，并仔细地思察时，总感觉真是嘉言，其中具有甚深要义。完全是善察者与具智者和有缘份诸人所喜悦和能得解脱之道。而且毫无直接与间接的自相矛盾之处，无前后承许相矛盾和与清净的显密论典的旨意相矛盾的过失。具智者若知思择语句和修法时，经年累月，始知大师著述的诸语句，愈研愈深。如我病者（勒仁巴）也知道此种情况。其他善巧成就者也都如此说。但是有一些无缘份、无智慧和邪见者所知的，是颠倒知，及不正知。又有一些如阅印度释论那样，见有许多语义不能得知。这是由于自己的才智缺乏和经论的语义太深自然造成的。如是对于宗喀巴大师的著述，不应认为是著述的弊病！（而是自己缺才等过）那末，班钦却季朗嘉等提出的批评，而且作有破斥的话，这是何缘故呢？当知班钦只作尚待研究的题材外，并未说破斥过失之语。其他许多破斥语，又是如何的呢？有些是仅以立宗来说，也未够格，有些是连显密总的情况，也不知道，有些是自己心中，魔入其中，而生起偏私，及虽有求知热心，但是已入于亲爱疏憎之境的过失中。因此，对于宗喀巴大师的论著，当知是嘉言，而且毫无过失，具足纯洁，完全是有缘份者的行境。愿后学的弟子和住持佛教诸人，对于与大师著述之义相同的说、修等，努力勤学为祷！愿其他有偏私的诸人，也远离邪见！我在此未死的时间中，对于以上每一语句，都识为有奇异的语义。并且我有极大的信仰和求知的愿望，对于宗喀巴大师的所有著述中，所有大小的另详别处者，拟参考显密经论或《甘珠尔》和《丹珠尔》，著出一部比较详广的如补遗那样的书本。但是我自己先后发生很大的灾障，尤其是在羊年以后，我被疾病缠身，竟至未能如愿写作。”这位善巧成就师，中年以后就被重病缠身。但是他对宗喀巴大师有衷心的无量敬信，虽在病中，仍然著有许多宗喀巴史事零散集。此师系宁玛派［12］的一位主要的住持教法者。与此相似的还有其他宗派中的许多合格的善巧成就者，他们也都对宗喀巴大师的身语意史迹，衷心信仰而发心，并作颂扬和称赞。还有一些智者最初对宗喀巴大师的著述作讽刺，但是后来追悔而供上忏悔之词，并撒供赞颂之花朵。所有这些情况，从下文记载中，将能获得了知。以上为宗喀巴大师拥有如何的卓越的著作功德情况的简略论述。
于此断句处，作中间赞颂说：
师心离垢明镜中，
现起千百教理影，
不杂顿显诸奇观，
看不厌足利益宏。
为安众生于佛位，
广大经论深要义，
著述如线穿宝珠，
智者项上常佩带。
昔日西藏此土中，
虽有许多显密著，
能开深义莲日光，
末见能与师比同。
师著任何句义中，
千百智者昼夜思，
最后唯有生信敬，
若欲寻隙毫无踪。
教义之体次第等，
是由文殊亲教故，
任何说中违误等，
佛观亦难见影踪。
一些偏私以枭眼，
虽细观机作破斥，
黑暗洞中发自声，
如其所说舌紧缚。
六严二胜饰圣土，
摄而为一所有智，
我师全俱此赞语，
由著可知非虚构。
讲座威严辩幡高，
著作净伞具阴凉，
众生得乐作安慰，
如集诸佛事业扬。
末劫清净佛宗风，
现起将落西山时，
第二佛陀（即宗喀巴）师日现，
第一结集善缘同。