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与赖耶之关系的，可以说只是就“一切种子心识”而论的。《成唯识论》继承《摄论》的说法，只是用能藏、所藏来解释诸法与赖耶的关系，这是两论的不同，也是“赖耶说”发展史上的一个标志。即原本只具“执藏”的赖耶，在《成唯识论》中根据《摄论》的因相、果相说，而建立能藏、所藏义，这样便使赖耶的“藏”义，不仅具备了第七末那识的执藏义，更从功能上具备了能藏、所藏二义。
（2）对熏习说的完善。熏习，这并不是唯识学所特有的理论，在原始佛教和部派佛教中便有了，但都未进行过深入的讨论。到了无著的《摄论》时又才有了简单的解说，但并未对其理论细致化，只是“大纲”式的述说。在《成唯识论》中，对“熏习”说进行了完善，首先将熏习分为能熏和所熏二类，亦即以前七转识为能熏，第八阿赖耶识为所熏。其中能、所熏又各具四种条件，如说：
“依何等义立熏习名？所熏、能熏各具四义，令种生长，故名熏习。何等名为所熏四义？一、坚住性：若法始终一类相续能持习气，乃是所熏；……二、无记性：若法平等无所违逆，能容习气乃是所熏；……三、可熏性：若法自在性非坚密，能受习气乃是所熏；……四、与能熏共和合性：若与能熏同时同处，不即不离乃是所熏。……唯异熟识具此四义可是所熏，非心所等。何等名为能熏四义？一、有生灭：若法非常能有作用，生长习气乃是能熏；……二、有胜用：若有生灭，势力增盛，能引习气乃是能熏；……三、有增减：若有胜用，可增可减，摄植习气，乃是能熏；……四、与所熏共和合性：若与所熏同时同处，不即不离，乃是能熏。……唯七转识及彼心所有胜势用而增减者具此四义，可是能熏。如是能熏与所熏识俱生俱灭，熏习义成。”＇85＇
《成唯识论》认为此能、所二熏和合，“俱生俱灭”，辗转熏习，方成种子。《摄论》在“熏习说”上，主张“杂染法”与赖耶相熏，这与《成唯识》是略有出入的。其实，《摄大乘论》的思想是介于唯识与法相（或瑜伽）之间的，不是纯粹的“唯识”典籍，也不是纯粹的法相著作，是法相到唯识过渡时期的论书。正因如此，《摄论》在熏习说上，其范围并非单局于“八识”之上，而是就主（阿赖耶识）客（杂染法）观而说的。当佛法进入到唯识学的时期，世亲主张“三能变”，即《唯识三十颂》所说的：
“由假说我法，有种种相转。彼依识所变，此能变唯三：谓异熟思量，及了别境识。”＇86＇
也就是指阿赖耶识、末那识、前六识能变现诸法境界，客观的杂染法都是识所现的影像，是识的相分，并非是于识之外而有实在的杂染诸法存在。所以《成唯识论》认为能熏、所熏是在八识之间完成的。即前七识在认识（缘）诸法时，通过分别而产生习气，此习气即藏（熏）于赖耶识中，此时对赖耶来说则为能熏，前七识则为所熏。通过《摄论》和《成唯识论》在“熏习”解说上的不同，也可看出瑜伽唯识学乃至赖耶说在思想上的演变。
（3）对种子特性的定义。种子说由来已久，是通过能、所熏熏习所产生的一种气分，所以又叫做习气。此种子是生起一切诸法的亲因，但不同的种子有不同的性能，依此又称作功能差别。在《成唯识论》以前的论典中并未对种子的特性作出过定义，只是略解为“因”义，是针对诸法现行而说的。而《成唯识》则对种子进行了分析，而说有六种特性，被称之为“种子六义”。如说：
“……然种子义略有六种：一、刹那灭：谓体才生，无间必灭，有胜功力，方成种子；此遮常法，常无转变，不可说有能生用故。二、果俱有：谓与所生现行果法，俱现和合方成种子；此遮前后定相离，现种异类互不相违，一身俱时有能生用，非如种子自类相生，前后相违，必不俱有，虽因与果有俱不俱，而现前时可有因用，未生已灭无自体故，依生现果立种子名，不依引生自类名种，故但应说与果俱有。三、恒随转：谓要长时一类相续，至究竟位方成种子；此遮转识，转易间断与种子法不相应故，此显种子自类相生。四、性决定：谓随因力生善恶等，功能决定，方成种子；此遮余部执异性因生异性果，有因缘义。五、待众缘：谓此要待自众缘合，功能殊胜，方成种子；此遮外道执自然因，不待众缘，恒顿生果，或遮余部缘恒非无，显所待缘非恒有性，故种于果非恒顿生。六、引自果：谓于别别色、心等果，各各引生方成种子；此遮外道执唯一因生一切果，或遮余部执色、心等互为因缘。唯本识中功能差别具斯六义。”＇87＇
种子在赖耶识中是属于一种潜能的存在，是时时运动变化的，恒恒时与赖耶相续随转，在生起诸法的现行时，随各自的性能藉诸多条件而生起色、心、善、恶等法。《成唯识》所说种子六义中，刹那灭是从种子现象上讲的；恒随转是从赖耶持种、种子随赖耶时时转动而说的；果俱有是从现行法与赖耶因果同时而说的；性决定、引自果是从各别种子随各自的性能生起各别诸法；待众缘则是从法不孤起，种子之生起诸法的现行，必须要具备众多的条件。《成唯识》如此解释种子，实则多是就“种子现行”这个角度进行的考察，是对以前种子说理论分析的细致化。
（4）对阿赖耶识功能的总结。关于阿赖耶识的功能，在《八识规矩颂》中总结为五种，即“受熏持种根身器，去后来先作主公”。＇88＇《成唯识论》中对此有说：
“执受及处俱是所缘，阿赖耶识因缘力故，自体生时，内变为种及有根身；外变为器。即以所变为自所缘，行相仗（杖）之而得起故。”＇89＇
①执受种子及根身。《成唯识论》说“执受有二：谓诸种子及有根身。诸种子者，谓诸相、名、分别习气；有根身者，谓诸色根及根依处。此二皆是识所执受，摄为自体同安危故。”＇90＇《成唯识》乃是根据《深密》所说“阿陀那识”而作出的解释。在玄奘法师所传的唯识学中，就是将阿陀那解释为“执持”或“执受”的，也就是对种子、根身的执持。执持种子以令其不失；执持根身以令其不坏。所以《深密》说：“依二执受：一者有色诸根及所依执受；二者相、名、分别、言说戏论习气执受……此识亦名阿陀那识，何以故？由此识于身随逐执持故。”
②受熏。即阿赖耶识为前七转识所熏而含藏种子，《成唯识论》据此说有所熏四义。
③内变根身。《成唯识论》说：
“有根身者，谓异熟识不共相种成熟力故，变似色根及根依处，即内大种及所造色。有共相种成熟力故，于他身处亦变似彼。不尔，应无受用他义。”＇91＇
即阿赖耶识以“不共相种”——内四大种及所造色随业力变现有情根身。但在缘（认识）其他有情根身的时候，赖耶又依“共相种”依他有情根身为本质境（疏缘），而别变一同时同处、同一相状之境为其所缘。
④外变器界。器界，为有情共业所感，若欲依住、缘虑，则必须以赖耶识中之“共相种子”——外四大种及所造色，随业力之所变现。也就是要依他有情所变之器界为本质境（疏缘），而别变一同时同处、同一相状之境为其所缘。故《成唯识论》说：
“所言处者，谓异熟识由共相种成熟力故，变似色等器世间相，即外大种及所造色。虽诸有情所变各别，而相相似，处所无异，如众灯明，各遍似一。”＇92＇
⑤为有情流转生死的联系。在《深密》中是以“阿陀那识”为有情流转生死的联系，而自《瑜伽》以后，便是以“阿赖耶识”为有情流转的主体。同样，《成唯识论》在《摄论》的基础上，对“赖耶说”进行完善，并对“生”和“死”的现象，通过赖耶的作用进行了解释。认为有情的根身是由阿赖耶识在执持，前六识不是时时生起、恒无间断，所以不能对根身进行执受。有情一生业力尽后，赖耶便随业力舍去对身的执受，“舍执受处冷触便生……冷触起处即是非情，虽变亦缘而不执受”。有情死的时候，身体便随之变冷，“冷触起处即是非情”，也就是“冷触”的地方就没有了赖耶的执受。在八识之中，前七识是最先离开有情之身的，以此《八识规矩颂》说是“去后”。同样，有情在生的时候，也是不能没有阿赖耶识的，“识缘名色，名色缘识，如是二法展转相依，譬如芦束俱时而转，若无此识（赖耶），彼识自体不应有……名谓非色四蕴，色谓羯逻蓝等，此二与识相依而住，如二芦束更互为缘，恒俱时转不相舍离”。在八识中，赖耶是最先入于母胎的，随有情的业力，而以内外四大种变现根身、器界，所以《八识规矩颂》说是“来先”。＇93＇
（5）阿赖耶识与大圆镜智。在大乘佛法中讲菩萨自发心修行至成就阿耨多罗三藐三菩提，这中间是要经过极喜等十地的（《深密》于十地上多一佛地），十地过后，方成就圆满的涅槃和菩提，其中菩提《成唯识论》说是以“四智”为其体（所谓四智即是成所作智、妙观察智、平等性智和大圆镜智）。此四智说并非《成唯识论》首创，在《佛地经》中便对此作了解说，但是并未提到此四智与八识有何关系。＇94＇《摄大乘论》在〈彼果智分〉虽谈到了三身，但并未提到四智，而讲三身中也是以法身（广义）为主，以此法身赅括如来一切清净的有为、无为功德，其中在讲“法身由几佛法之所摄持”时，一共举有六种，其中第一种便是法身由赖耶转得。如说：
“略由六种：一由清净，谓转阿赖耶识得法身故。”＇95＇
由此可知，阿赖耶识在佛果位上是转为清净法身的。但在《成唯识论》中，却与《摄论》所说略有出入，而是主张四