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行的因果交递，在《摄论》中的解释原理是“熏习”，如说：
“……此中安立阿赖耶识自相者，谓依一切杂染品法，所有熏习为彼生因，由能摄持种子相应；此中安立阿赖耶识因相者，谓即如是一切种子阿赖耶识，于一切识与彼杂染品类诸法现前为因；此中安立阿赖耶识果相者，谓即依彼杂染品法无始时来所有熏习，阿赖耶识相续而生……何等名为熏习？熏习能诠。何等所诠？谓依彼法俱生俱灭，此中有能生彼因性，是谓所诠。”＇72＇
《摄论》对阿赖耶识作自相、因相、果相的分析，这是它的特色，也是赖耶说的进步。其中安立阿赖耶识果相中，即以“熏习说”来解释现行诸法是怎样转化为种子而藏于赖耶识中的，其熏习又分能熏和所熏二种，赖耶为能熏，诸法为所熏。＇73＇由熏习所成之种子的不同，《摄论》说赖耶差别有三种或四种：
“此阿赖耶识差别云何？……或三种或四种。此中三种者，谓三种差别故，一、名言熏习差别；二我见熏习差别；三、有支熏习差别。四种者，一、引发差别；二、异熟差别；三、缘相差别；四、相貌差别。”＇74＇
三种差别是指所熏习的三种种子，即名言种子、二取（我见）种子、业（有支）种子。四种差别中的引发差别是“新起熏习”＇75＇，指现行法熏习成种藏于赖耶之中（如“行缘识”），此种又随感三界等果（如“取缘有”）。异熟差别主要是指赖耶随有情造作诸业的不同，而感三界苦乐等果。缘相差别主要是指末那执我。相貌差别主要是指赖耶识中的种子有共、不共、无受生种子、有受生种子等差别相。共相是指器世间种子和无受生种子；不共相指各别自种及有受生种子。此中引发差别、异熟差别的种子，多是业（有支）种子所摄；缘相差别的种子，属二取（我见）种子摄；相貌差别的种子，属名言种子摄。阿赖耶识能摄藏此等诸法种子相应，即是其自相。而其因相，即赖耶中诸种随缘生起诸法的现行。依此，《摄论》又立有二种缘起：
“又若略说有二种缘起：一者分别自性缘起；二者分别爱非爱缘起。此中依止阿赖耶识诸法生起，是名分别自性缘起，以能分别种种自性为性故。复有十二有支缘起，是名分别爱非爱缘起，以于善趣、恶趣能分别爱非爱种种自体为缘性故。”＇76＇
此中分别自性缘起乃是指赖耶识中的名言种子随缘生起诸法的现行。因为名言种子又叫等流习气，即赖耶识中自类种子生起自类的现行，其自性决定，而互不混淆。如眼识种生起眼识现行以见色，而不能生起耳识现行以闻声。相反，其余诸法的种子所生起的现行也是如此。分别自性缘起为一切事物（有情界和器世界）生起的根本，而分别爱非爱缘起则为一切事物生起的辅助条件。无论是婆罗门，还是佛教，都认为有情的流转生死和世间的成住坏空，都是随有情业力之所招感的，不过这种业力是属于共业。不共业则是有情随自所作善、不善、无记的种种不同，而感乐、苦、舍诸果。爱非爱缘起即十二有支缘起或业感缘起，“非爱”即是有情随自所作染污有漏诸业而感世间生死的流转之苦（就出世而言，世间之乐亦是苦）；“爱”则是有情随闻佛法修出世清净离染之业，而感出世解脱之乐，即是可“爱”。这种业感缘起只是赖耶识中的业种子生起的现行，并不能直接作诸法生起的亲因，只能作自性缘起的辅助条件，决定诸法生起时的苦乐美丑等。赖耶识中的“二取种子（习气）”是第六、七二识执我、我所而成，其种子的有无，是决定诸法随业生起现行时的清净与否，也是世间与出世间形成的关键所在（即有二取习气则为世间，无则为出世间）。
《摄论》是解释《阿毗达磨大乘经》中〈摄大乘品〉的，＇77＇根据经中颂语“诸法于识藏，识于法亦尔。更互为果性，亦常为因性”，＇78＇而建立“种现熏生”的道理。如论说：
“如阿赖耶识为杂染诸法因，杂染诸法亦为阿赖耶识因。”＇79＇
“阿赖耶识为杂染诸法因”即是《阿毗达磨大乘经》所说的“识于法亦尔”，谓阿赖耶识中的杂染诸法种随缘生起杂染诸法的现行，即赖耶为因，杂染诸法为果。“杂染诸法亦为阿赖耶识因”即《阿毗达磨大乘经》所说的“诸法于识藏”，谓现行杂染诸法转化为种子藏于赖耶识中，即杂染法为因，赖耶为果。如是赖耶与杂染诸法互为因果，辗转相熏相生，从而使一切有情界及器世界相似相续、非断非常地存在着。
《摄论》讲有情八识及诸杂染法相熏相生，而说世间杂染的形成，从而又根据此理讲出世解脱的成立，大倡种子“对治”说。这是原始佛教、部派佛教以及《瑜伽》、《深密》都未述及到的。如《论》说：
“复次，云何一切种子异熟果识为杂染因，复为出世能对治，彼净心种子又出世心，昔未曾习故，彼熏习决定应无，既无熏习从何种生？是故应答：从最清净法界等流、正闻熏习种子所生。”＇80＇
阿赖耶识为一切杂染诸法之因，又能为“出世对治”，也就是通过对佛法的多闻熏习、如理作意等，以实证真如法性，破除二取执，从而熏习、积集清净出世的种子。以此清净种子对治赖耶识中世间杂染法种，使赖耶识无漏清净种“依下品熏习成中品熏习，依中品熏习成上品熏习”。此下中上三品种子是清净无漏的，与赖耶识中杂染法种相违，属“法身种子”，“能对治烦恼缠”、“诸险恶趣”，能对“一切所有恶业朽坏对治”。＇81＇如是此清净法种愈熏愈增，杂染法种便减之又减，直至入金刚喻定时，将赖耶识中微细极微细的烦恼、所知二障种子断除尽净，而成就阿耨多罗三藐三菩提。＇82＇
4、《成唯识》对赖耶说的综合
《解深密经》的“阿陀那识”同样与原始佛教、部派佛教一样，是以有情生命的流转为主题而开展的，阿赖耶识并不是《深密》在“本识论”中的主导思想，只不过是就第七末那识“执藏”而论的。《瑜伽》是将《深密》的阿陀那识与阿赖耶识、一切种子心识合论，在其名义上取阿赖耶识，而不取阿陀那识。不过其思想并未有多大的进步，仍多是就作有情生命联系而说的。“赖耶说”到了《摄论》的时候，大大地发扬了“种子说”，不仅主张赖耶识中的业种子是招感三界苦乐等果的关键，更主张有情以外的器界也同样是赖耶识中的种子所生起的现行（变现）。这样，《摄论》将以有情为本的赖耶说扩演到器界也是依赖耶（的种子）而起的。世间染法是依赖耶而起，而出世净法的种子在未成佛之前，也同样是藏于赖耶识。所以《摄论》又以此建立了种子“对治”说，这也是《深密》、《瑜伽》乃至部派佛教所没有的，这确为《摄论》在“赖耶说”上的一大贡献，将以世间流转为本的“赖耶说”扩展到出世解脱也是不能离开阿赖耶识的，这也算是对《阿毗达磨大乘经》“无始时来界（因义、种子义），一切法等依，由此有诸趣（世间），及涅槃证得（出世间）”的演说。《成唯识论》是对世亲《唯识三十颂》注释的书，其中融合了护法、安慧、德慧等十大论师的见解，从中可以了解印度唯识学鼎盛时期的思想。“赖耶说”虽经过无著的大力发挥。但其中还有待综合、融通的地方。所以“赖耶说”到了《成唯识论》的时代，才真正在思想上得到了成熟。而其《成唯识》在“赖耶说”上的贡献主要体现在以下几个方面：
（1）对赖耶三藏义的定名。《摄论》在解释什么叫阿赖耶识时，只是说“一切有生杂染品法，于此摄藏为果性故；于即此识于彼摄藏为因性故，是故说名为阿赖耶识。或诸有情摄藏此识为自我故……”前面说过，《摄论》对赖耶是分为自相、因相、果相的，其因相即是“于即此识于彼摄藏为因性故”；果相即是“一切有生杂染品法，于彼摄藏为果性故”；“或诸有情摄藏此识为自我故”即是指第七末那识“一切时缘阿赖耶识，思度为性”，＇83＇也就是末那识恒审思量赖耶为我。《成唯识论》即根据此《摄论》之意，而用能藏、所藏、执藏三义来诠表赖耶，如说：
“或名阿赖耶，摄藏一切杂染品法令不失坏故；我见、爱等执藏以为自内我故。”＇84＇
“摄藏一切杂染品法令不失”此有二义，即赖耶“能藏”一切杂染品法种子；一切杂染品法种子为其“所藏”。“我见、爱等执藏以为自内我”，即是指第七末那对赖耶的“执藏”；我见、我爱、我慢、我痴为第七末那识相应的四种烦恼，时时执赖耶见分为我。此中能藏即是《摄论》所说的“一切有生杂染品法，于此摄藏为果性”的赖耶果相；所藏即是“于即此识于彼摄藏为因性”的因相；执藏即是《摄论》所说的“或诸有情摄藏此识为自我”。于此可知《摄论》与《成唯识》在对赖耶名义解释上的略微差异：《摄论》的因相、果相说是就赖耶与诸杂染法“种现熏生”、“互为因果”而说的；《成唯识》则是在《摄论》“种现熏生”的立场上，专就赖耶“持（藏）种”而说的。虽两者阐述所站的立场不同，但所表述的意义却是一致的。不过从《成唯识论》用三藏义诠解赖耶来看，这至少是在赖耶说上又有了发展。《摄论》诠解赖耶时虽有“因相”、“果相”、“摄藏为自我”三义，这不过是介于《深密》、《瑜伽》与《成唯识》之间的一种说法。在《深密经》中，赖耶是单就末那执我（藏）而说的，《摄论》在三义中说“藏”义就只有“摄藏为自我”一义；而其因相、果相则是就“种现熏生”而说的，是在阐述诸法与赖耶之关系的，可以说只是就“一切种子心识”而论的。《成唯识论》继承《摄论》的说法，只是用能藏、所藏