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在五院制下，行政院是国民政府最高行政机关。1928 年10 月25 日，行政院正式成立，第一任院长是谭延辏АＰ姓河尚姓赫痹撼ず退舾鞑俊⒏魑被嶙槌伞Ｐ姓褐葱姓竦木霾呋故切姓夯嵋椋烧痹撼ぁ⒏鞑坎砍ぁ⒏魑被嵛背ぷ槌伞？崾币栽撼の飨撼ひ蚬什荒苤葱兄拔袷保筛痹撼ご怼Ｐ姓夯嵋榈闹叭ǎ饕且榫鱿铝惺孪睿海�1）提交于立法院的法律案、预算案、大赦案、宣战案、媾和案、条约案及其他重要国际事项；（2）荐任以上行政官吏和司法官吏的任免；（3）处理所属各部、会之间及各委员会之间不能解决的事项；（4）其他依照法律或行政院长认为应付行政院会议议决事项。谭延辏г谌问保姓涸撼さ娜闲 Ｔ撼ぶ鞒中姓夯嵋椋劾砣菏挛瘢喽剿艋兀姓核忻罴按Ψ郑刖宀砍せ蛴泄夭坎砍じ笔鹗忌ЯΑ�1930 年9 月22 日，谭延辏Р∈拧９竦橙焖闹腥嵊�11 月17 日修改《国民政府组织法》，扩大了行政院院长的权力。规定：行政院会议改称国务会议，原来的国务会议改称国民政府会议；行政院各部设部长1 人，政务次长、常务次长各1 人，各委员会设委员长、副委员长各1 人，均由行政院院长提请国民政府任免。会议推举国民政府主席蒋介石兼任行政院院长。这样，蒋介石不仅操纵着国民政府的第一级、第二级权力机构，而且控制了第三级权力机构。蒋介石下野后，国民党四届一中全会于1931 年12 月16 日修改《国民政府组织法》，恢复行政院会议旧称，改国民政府会议为国民政府委员会议，规定行政院院长负实际政治责任，并推举孙科继任行政院院长。1932 年1 月25 日，孙科辞职。28 日，国民党中央政治会议改任汪精卫为行政院院长。1935 年12月1 日，汪精卫辞职。7 日，国民党五届一中全会复任蒋介石为行政院院长。经过几番周折，蒋介石重新执掌了行政院。
行政院下设部和委员会，分管各项行政事务。行政院成立时，除办事机构秘书处、政务处以外，设有内政、外交、军政、财政、农矿、工商、交通、铁道、教育、卫生10 部和蒙藏、侨务、禁烟、建设4 个委员会。1929 年1月11 日，增设赈灾委员会（后改称赈务委员会）。4 月12 日，裁撤军政部海军署，增设海军部。1930 年11 月17 日，国民党三届四中全会决定调整行政院机构，将农矿部与工商部合并为实业部，卫生部改为卫生署并入内政部，建设委员会划归国民政府直辖。此后，行政院机构变化不大。到抗日战争全面爆发时，行政院共有9 部和4 个委员会。行政院各部设部长、政务次长、常务次长各1 人，部长综理部务，次长协助部长工作。部的下面按照不同情况设厅、署、司、处，置秘书、参事、厅长、署长、司长、处长、科长、科员、技监、技士、技佐、编审、视察、督学等各类人员。行政院各委员会设委员长、副委员长各1 人，委员和常务委员若干人，委员长在副委员长协助下领导和管理本会工作。会的下面分设处、科，置秘书、参事、处长、科长、科员等各类人员。蒙藏、侨务、赈务委员会还在地方设立了一些派出机构。
抗战时期的战时体制抗战开始后，国民政府转入战时体制。1937 年8 月12 日，国民政府设立国防最高会议，作为全国国防最高决策机关，蒋介石任主席，汪精卫任副主席。国防最高会议由党政军三方面负责人组成，成员包括国民党中央执行委员会和监察委员会的常务委员、秘书长、中央各部部长，国民政府五院正副院长、行政院秘书长及各部部长、全国经济委员会常务委员，国民政府军事委员会正副委员长、常务委员，参谋本部总长、训练总监部总监、军事参议院院长。国防最高会议组成后，国民政府五院直接接受其领导，五院分别对国民党中央执行委员会负责的规定失去效力。11 月20 日，国民政府迁都重庆。12 月13 日，南京沦陷。1938 年元旦，蒋介石辞去行政院院长兼职，孔祥熙继任。同日，国民党中央执行委员会常务委员会通过《中央机构调整案》，规定：撤销铁道部、实业部和直属于国民政府的建设委员会、全国经济委员会；设立经济部，将实业部、建设委员会、军事委员会第三部及第四部、资源委员会、全国经济委员会的水利部分划归经济部；铁道部及全国经济委员会的公路部分改隶交通部；撤销海军部，将其所管事务划归军事委员会所属的海军总司令部办理；原属军事委员会的禁烟总会改隶内政部，贸易调整委员会及对外易货委员会改隶财政部。1 月14 日，国民政府修订公布《行政院组织法》，规定行政院只设内政、外交、军政、财政、经济、教育、交通7 部和蒙藏、侨务2 个委员会。2 月24 日，赈务委员会改称赈济委员会，仍隶属行政院。
为了增强抗战力量，国民政府在抗日战争初期设置了一个以国民党为主、容纳国内各党派和无党派人士参加的咨询机关——国民参政会。1938 年7 月6 日，国民参政会一届一次会议在汉口开幕。第一届参政会有参政员200人，参政员由国民党中央执行委员会选任，汪精卫任议长。按照组织条例，国民参政会的职权主要有三项：（1）在抗战期间，政府对内对外重要施政方针，于实施前应提交国民参政会审议。前项决议案经国防最高会议通过后，依其性质交主管机关制定法律，或颁布命令行之。但是，“遇有紧急特殊情形，国防最高会议主席得依《国防最高会议组织条例》以命令为便宜之措施。”（2）国民参政会得提出建议案于政府。（3）国民参政会有听取政府施政报告暨向政府提出询问案的权力。国民参政会每半年开会一次，闭会期间设驻会委员会。它下设五个审查委员会，分别审查关于军事国防、外交国际、内政、财政经济、教育文化等项议案。国民参政会没有立法权和监督权，不是所谓的“战时国会”，但它为各党各派评议时政提供了合法讲坛。广州、武汉失守后，抗日战争进入相持阶段。1938 年12 月18 日，汪精卫叛国投敌。1939 年1 月28 日，国民党五届五中全会决定设立国防最高委员会，统一党政军的指挥，国民党中央执行委员会所属各部各委员会及国民政府五院、军事委员会及其所属各部各委员会，兼受国防最高委员会指挥，总动员委员会直隶于国防最高委员会。与国防最高会议不同之处在于：（1）国防最高委员会不设副职，实行委员长集权制，委员长可以提名任命委员，常务委员由委员长于委员中指定。（2）除委员外，国防最高委员会另以党政军各方面负有实际责任的领导人为执行委员，负责执行国防最高委员会的决议，经委员长指定的执行委员还可以列席国防最高委员会常务会议。（3）国防最高会议没有常设机构，国防最高委员会设立了机构庞大的秘书厅。2月7 日，国防最高委员会成立，蒋介石任委员长。3 月11 日，国防最高委员会下设国民精神总动员会，蒋介石兼任委员长。11 月20 日，孔祥熙辞职，蒋介石复任行政院院长。此后，行政院的直属机构进行了局部调整。1940 年3 月，将原属经济部的农林部分划出，设立农林部。4 月，原属内政部的卫生署划归行政院直辖。7 月，增设全国粮食管理局，统筹全国粮食的产销储运。9 月6 日，国民政府明令以重庆为陪都。10 月，行政院增设重庆陪都建设委员会，国民党中央执行委员会社会部改隶行政院。1941 年5 月，撤销全国粮食管理局，增设粮食部。7 月，增设全国水利委员会。12 月，撤销内政部原设的地政司，改于行政院下设地政署。国民党五届七中全会曾决定增设经济作战部，国民党五届八中全会曾决定增设贸易部，但这两部均未成立。到1941 年底，行政院的直属机构增加为10 部5 会2 署。
行政三联制的推行战时国民政府虽然实行高度集权，但是由于官僚机构臃肿、从政人员腐败，并没有收到集权政府应有的行政效能。1940 年7 月6 日，根据蒋介石的提议，国民党五届七中全会决定试行行政三联制。所谓行政三联制，是将行政管理的设计、执行、考核三个环节紧密连接起来，设计是行政活动的开始，执行是对设计的实施，考核既是对执行情况的检验，又是对下一个设计的反馈。如此首尾相连，形成一个有机的行政系统。它的运行程序是：在每一个年度开始前，先由中央设计局拟就施政方针，经国防最高委员会讨论修改后发交各级政府，各级政府据此拟定详细施政计划及所需经费概算，逐级审核后送达中央设计局，再由中央设计局审查、整理成全国施政计划，呈报国防最高委员会核准，发交各级政府执行，同时通报党政工作考核委员会，党政工作考核委员会据此对各级政府施政状况进行考评。1941 年2 月15 日和22 日，党政工作考核委员会和中央设计局先后成立。按照组织大纲，中央设计局是主持政治经济建设计划的设计及审核的最高机关，党政工作考核委员会是考核检定设计方案的实施进度、考核党政机关经费人事的最高机关。在行政三联制下，国民政府五院、国民党中央各部会、地方各级政府和党部都成了纯粹的执行机关。对此，立法院、监察院明确表示不满，司法院、考试院和国民党中央各部、各委员会都消极抵制。1942 年11 月27 日，国民党五届十中全会