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国防最高会议、国防最高委员会抗日战争全面爆发以后，中央政治会议（中央政治委员会）的最高立法权相应地移交给国防最高会议。国防最高会议是国民党中央执行委员会常务委员会临时会议决定组建的全国国防最高决策机关，对中央政治委员会负责。《国防最高会议组织条例》规定：“在作战期间，关于党政军一切事项，国防最高会议主席得不依平时程序，以命令为便宜之措施。”①1937 年11 月17 月，中央政治委员会停止开会，其职权由国防最高会议代行。
1939 年1 月28 日，国民党五届五中全会决定：设置国防最高委员会代替原来的国防最高会议，统一党政军之指挥，并代行中央政治委员会的职权。《国防最高委员会组织大纲》也赋予委员长以紧急命令权，并取消了“在作战期间”的限制。国防最高委员会在战时自行制定了多项法令，除了法与条例以外，还有规程、章程、规则、通则、准则、细则、大纲、纲要、标准、办法等多种名目，命令与法律、命令与条例、法律与条例、法律与规则经常发生抵触。这些法令多数根本不经立法院通过，直接交国民政府公布，有的事后交立法院按原文通过，有的由国防最高委员会制定原则，交立法院限期签注意见，再由国防最高委员会作出决定。
立法院名义上具有的最高立法权在战时受到排斥。为了划清国防最高委员会与立法院在立法方面的权限，蒋介石命令国防最高委员会所属的中央设计局、党政工作考核委员会召集有关人员研究制定了《国防最高委员会与立① 《国防最高会议组织条例》（1937 年8 月12 日），参见蒋纬国主编《国民革命战史第三部：抗日御侮》第3 卷，台湾黎明文化事业公司1979 年版，第23 页。
法院关系之调整办法》，1942 年2 月24 日以立法院训令形式公布。调整办法规定：（1）国防最高委员会决定的立法原则，立法院如有（不同）意见，应尽速向国防最高委员会陈述。（2）法律案如无紧急或特殊情形及《国防最高委员会组织大纲》规定的紧急命令事实，仍应交立法院审议；关于前项紧急或特殊情形，应由提案机关以书面详述理由，呈请国防最高委员会核定。（3）国民政府依照国防最高委员会决定公布的法令，应令知立法院，立法院对于此项法令毋庸再行审议。同年3 月11 日，立法院法制委员会7名委员联名呈文立法院院长孙科，表示不同意这个调整办法，认为法律仍应依立法程序经立法院审议通过。这个意见没有被采纳。
政治协商会议的五项决议与《中华民国宪法》抗日战争胜利以后，国内各民主党派对国民党一党专政、个人独裁的训政体制提出强烈批评，结束训政、实施宪政的民主要求空前高涨。政治协商会议于1946 年1 月31 日通过五项决议，确定改组一党政府为多党政府，按照国会制、内阁制、省自治制的原则制定宪法，实行宪政。对于宪法草案的修改，决议规定了如下原则：立法院为国家最高立法机关，由选民直接选举，其职权相当于西方国家的议会；行政院为国家最高行政机关，行政院长由总统提名经立法院同意任命，行政院对立法院负责；如立法院对行政院全体不信任时，行政院或辞职或提请总统解散立法院，但同一行政院长不得再次提请解散立法院；总统经行政院决议，得依法颁布紧急命令，但须于一个月内报告立法院；省可以制定省宪法，省与中央权限依均权主义规定。按照这样的原则，国民党中央政治委员会的最高立法权（当时由国防最高委员会代行）将被撤销，民主选举产生的立法院将成为最高立法机关。两个月后，这些决议被国民党推翻。1946 年3 月16 日，国民党六届二中全会决定撤销国防最高委员会，恢复中央政治委员会，通过了与政治协商会议决议完全相反的决议。11 月15 日，国民党不顾各民主党派的抵制和反对，在南京召开一党包办的“国民大会”。12 月25 日，通过了以五五宪草为基础的《中华民国宪法》。
在政治体制上，《中华民国宪法》设计了近似于国会制和内阁制的条文，实行的却仍是《五五宪草》规定的总统独裁制：（1）宪法规定行政院有条件地对立法院负责。这些规定是：行政院有向立法院提出施政方针及施政报告之责，立法院有向行政院质询之权；立法院对于行政院重要政策不赞成时，得以决议移请行政院变更，行政院如不愿变更，经总统核可，可请立法院复议；行政院对于立法院议决的法律案、预算案、条约案，如认为窒碍难行时，可以经总统核可，于10 日内移请立法院复议；复议时，如有出席委员三分之二维持原决议，行政院长应即接受该决议或辞职。（2）宪法赋予总统很大的权力：对外代表国家，依法行使宣战、媾和、缔约、戒严、大赦、公布法律、发布命令、任免文武官员等职权，而且统率全国陆海空军，遇有紧急情形可以依法发布紧急命令，有权召集有关各院院长会商解决院与院间的争执，有权提名行政院长、司法院正副院长及大法官、考试院正副院长及考试委员的人选。宪法虽然规定国家最高行政机关为行政院，但是行政院向立法院提请复议须经总统核可，总统实际上拥有对行政院的控制权。（3）宪法对总统行使职权也作出了一些限制。总统公布法律、发布命令，须经行政院院长或行政院院长及有关部会首长副署；任命行政院院长须经立法院同意，任命司法院正副院长及大法官、考试院正副院长及考试委员须经监察院同意；宣布戒严须经立法院的同意或追认，立法院认为必要时，得以决议移请总统解严；国家遇有天灾、疬疫或财政经济上有重大变故时，总统可以依法发布紧急命令进行必要的处置，但须于发布命令后一个月内提交立法院追认，如立法院不同意，该命令立即失效；监察院有权向国民大会提案弹劾总统、副总统。正因为有这样一些限制，在1948 年4 月4 日国民党中央执行委员会临时全体会议提名总统候选人时，蒋介石明确表示不愿出任总统。为此，由国民党包办的“国民大会”在4 月18 日又通过《动员戡乱时期临时条款》，规定“在动员戡乱时期”总统不受宪法第39 条或第43 条所规定程序的限制，即宣布戒严、实施紧急处分可以不经立法院通过或追认。这样，宪法中对总统权力的主要限制被取消，宪法设计的有限责任内阁制复归为总统独裁制。
第二节行政机构和行政制度国民政府初期的行政机构南京国民政府成立时，在机构设置上参照了广州国民政府的做法。在国民政府内，初设外交部、财政部、司法部、交通部、军事委员会、教育行政委员会、财政委员会、中央法制委员会。1927 年10 月，撤销教育行政委员会，改设大学院。11 月，增设最高法院。1928 年2 月，增设内政部、农矿部、工商部和建设委员会。4 月，设立中央研究院。8 月，增设禁烟委员会。9 月，增设侨务委员会。按照1928 年2 月4 日国民党二届四中全会修订通过的《国民政府组织法》，还应设立监察院、考试院、审计院、法制局、蒙藏委员会，但这些机构在国民政府改设五院以前没有建立。
南京国民政府初期的领导体制经历了多次变更。国民政府最初不设主席，而以胡汉民等4 人为常务委员，日常政务由常务委员以会议形式集体处理，政府决策权掌握在国民革命军总司令蒋介石手中。宁汉合流后，国民党中央特别委员会决定改组南京、武汉两政府，成立统一的国民政府。1927 年9 月20 日，改组后的国民政府成立。国民政府设委员47 人，其中常务委员5人；国民政府军事委员会设委员67 人，其中主席团委员14 人。这样庞大的政府机构完全是为了安置和平衡各派势力。由于权力分赃不均，特委会政府争吵不休。1928 年2 月7 日，国民党二届四中全会再次改组国民政府，推举谭延辏喂裾飨槭喂裾挛被嶂飨�
训政时期的三级中央政制训政时期的南京国民政府实行三级中央政制。国民政府主席、委员及国民政府直辖机关构成第一级权力机构，立法院、行政院、司法院、考试院、监察院院长、副院长及委员构成第二级权力机构，五院所属的各部、各委员会构成第三级权力机构。五院制国民政府成立时，直属机关除具体办事机构文官处外，还设置了参军处、参谋本部、训练总监部、军事参议院等军事机构和国立中央研究院、总理陵园管理委员会等行政机构。以后又陆续增设了主计处、稽勋委员会、政务官惩戒委员会、国史馆筹备委员会、西京筹备委员会等机构。原属行政院的建设委员会、全国经济委员会后来划归国民政府直辖。
国民政府主席是国家元首，对内对外代表国家，但主席的职权并不固定，依蒋介石是否担任主席而变化。按照1928 年10 月8 日公布的《国民政府组织法》，国民政府主席为国务会议主席，兼任陆海空军总司令，公布法律、发布命令由国民政府主席及五院院长署名执行。10 月10 日，蒋介石就任国民政府主席。1931 年6 月14 日，国民党三届五中全会修改《国民政府组织法》，扩大了国民政府主席的职权。规定：国民政府五院院长、副院长、陆海空军副司令及直属于国民政府的各院、部、委员会首长，由国民政府主席提请国民政府任命；公布法律、发布命令不须五院院长副署，直接由国民政府主席署名执行。蒋介石的揽权独裁活动引起国民党内其他政派的强烈反对，反蒋各派在广州另立国民政府。12 月15 日，蒋介石被迫宣告下野。26日，国民党四届一中全会根据粤方意见修改《国民政府组织法》，改国民政府主席为虚位元首。规定：国民�