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化不明显或与菌丝有明显区别，不分枝或分枝，孢子囊柠檬形或卵形，顶端有乳头状突起，萌发时产生游动孢子或直接萌发产生芽管。孢子囊成熟后脱落。游动孢子肾形，有两根鞭毛，可在水中游动。藏卵器圆形，单卵球，形成一个卵孢子。主要病原菌有马铃薯晚疫病（Phytophthora infestans），黄瓜疫病菌（P？melonis），茄子绵疫病菌（P？melongenae）等。
（3）假双霉属（Pseudoperonospora） 以无隔菌丝蔓延于寄生主细胞间隙，产生吸器伸入寄主细胞吸收营养。无性繁殖产生孢子囊，孢囊梗从气孔伸出，单生或丛生，分枝不对称，顶端尖锐。孢子囊椭圆形，褐色，顶端有乳头状突起，孢子囊萌发产生游动孢子，有两根鞭毛。孢子囊亦可直接萌发产生芽管。有性繁殖产生卵孢子。卵孢子球形，黄褐色，表面光滑或有突起。重要的病原菌有黄瓜霜霉病菌（Pseudoperonospora cubensis）。
此外，霜霉属（Peronospora）、直梗霉属（Plasmopara）、直梗霉属（Sclerospora）、盘梗霉属（Bremia）等霜霉菌都是专性寄生菌，可引起多种植物霜霉病，如十字花科植物霜霉病菌（Peronospora parsitica），葡萄霜霉病菌（Plasmopara viticoia），谷子白发病菌（Sclerospora graminicola），莴苣霜霉病菌（Bremia lactuca）。
2。 接合菌亚门
营养体为无隔菌丝体，无性繁殖在孢子囊内形成孢囊孢子，不能游动，有性生殖由两个同型配子囊配合形成接合孢子。全部陆生，大部分为腐生菌，仅一小部分是非专性寄生的弱寄生菌。重要病原菌有南瓜软腐病菌（Phizopus nigricans）。
3。 子囊菌亚门
本亚门真菌营养体除酵母菌是单细胞外，其它均为有隔、分枝的菌丝体，有的菌丝体聚集成菌核、麦角等变态结构。无性繁殖非常发达，形成各种形态的分生孢子。有性生殖产生囊孢子，子囊孢子产生于子囊内。子囊少数裸生，大多数形成于各种形态的子囊果内（球状、瓶状、头状、盘状等），子囊果有孔口的称为子囊壳，无孔口的称为笔囊壳，盘状的称为子囊盘。
子囊菌均为陆生，除白粉菌为专性寄生菌外，其它均为非专性寄生菌，有些能营腐生生活。主要有；
（1）单丝壳属（Sphaerotheca） 菌丝体表生，以吸器伸入寄主表皮细胞内吸收营养。无性繁殖产生椭圆形单细胞无色、串生的分生孢子。子囊产于近球形的闭囊壳内，含一个子囊，子囊内含8个（偶而4个）卵形单胞无色的子囊孢子。囊壳上的附属丝为丝状，不分枝或稍有分枝。重要的病原菌有瓜类白粉病（Sphaerothca fuliginea）。
（2）白粉菌属（Erysiphe） 菌丝表生，以吸器伸入寄主的表皮细胞内吸取营养。无性繁殖产生分生孢子，分生孢子椭圆形，单胞，无色，串生。有性繁殖产生子囊孢子，着生于子囊内，子囊则产生于深褐色、球形或稍扁平的闭囊壳内，囊壳上的附属丝菌丝状，不分枝或稍有分枝。每个闭囊壳内含有内含多个子囊，每个子囊内有2~8个椭圆形、单胞、无色的子囊孢子。重要的病原菌有小麦白粉病（Erysiphe graminis）等。
（3）球腔菌属（Mycosphaerella） 子囊壳黑色，球状或瓶状，有短乳头状孔口。无性阶段较复杂，可能分属于许多半知菌，如茎点霉属（Phona）、叶点霉属（Phyllosticta）、壳针孢属（Septoria）、壳二孢属（Ascochyta）、尾孢属（Cercospra）、梨孢霉属（Piricularia）等；而有性阶段均为球腔菌属。子囊圆柱形或倒棍棒形，初期束生于子囊壳内壁基部子囊孢子椭圆形，双胞大小相等。主要病原菌有瓜类蔓枯病菌（Mycosphaerella citullina）。
（4）黑腐皮壳属（Valsa） 菌丝体初无色，后呈橄榄色。无性繁殖形成长颈，孔口外露的分生孢子器，也可以几个相通的腔室共用一个孔口。内壁上的分生孢子梗可以在顶端连续产生香蕉形、单胞、无色的分生孢子。有性繁殖形成球形或近球形的子囊壳，其长颈露在树皮外，内生棒形或长椭圆形的子囊，子囊内含8个不规则排列形成两列的香蕉形、单胞、无色的子囊孢子。主要病原菌有苹果腐烂病菌（Valsa ｍali）。
（5）赤毒霉（Gibberella） 赤毒霉的的分生孢子阶段属于镰刀菌属，可产生具有3~5个隔膜的镰刀形的大型孢子和椭圆形或卵形、单胞的小型孢子。有性繁殖形成球形或圆锥形，有孔口的子囊壳，壳壁蓝色或紫色，单生或群生于瘤状或垫状的子座上或其四周。子囊倒棍棒形，内含8个排列成单行或双行的子囊孢子。子囊孢子纺锤形，无色，有2~4个隔膜。主要病原菌有玉蜀集黍赤霉属病菌（Gibberella zeae）。本菌寄主范围较广，可侵染小麦、大麦、燕麦、黑麦、玉米、水稻、甜菜、番茄、甘薯及多种禾本科杂草。
（6）黑星菌属（Venturia） 分生孢子梗无隔或有1~2个隔膜，顶端着生有单细胞或少数双胞的分生孢子。分生孢子纺锤形或瓜子形，初无色，后呈青褐色或红褐至褐色。子囊腔球形或近球形，青褐色、褐色至黑色，有呈乳头状突起的孔口，孔口四周有刚毛。内生长棍棒形或圆筒形的子囊。内含8个排列成两行的子囊孢子。子囊孢子双胞卵圆形，可上面的细胞较大，稍尖。重要的病原菌有苹果黑星病菌（Venturia inaequalis）。
（7）核盘菌属（Sclerotinia） 营养体为有隔多分枝的菌丝体，也可形成菌核。无性繁殖一般不产生孢子。偶而在养分不足条件下产生小型孢子，但在侵染循环中不起作用。在田间靠菌丝体传播蔓延。有性繁殖在菌核上产生子囊盘，子囊盘初为杯状，展开后呈盘状，基部有柄，形如喇叭。子囊盘表面由子囊及侧丝结成子实层。子囊棍棒形，内含8个排列成一行，椭圆形、单胞、无色的子囊孢子。本菌寄主范围很广，可侵染160多种植物，如使字花科植物、大豆、向日葵、四季豆、黄瓜、马铃薯、胡萝卜、番茄、辣椒、甜菜、菠菜、芹菜、葱头、大麻等，但不侵染禾本科植物。
4。 担子菌亚门
担子菌是最高等的一类真菌，但与农作物有关的却是担子菌中较低等的，如黑粉菌和锈菌。担子菌的营养体是有隔菌丝体。菌丝体有两种类型，单核的初生菌丝和双核的次生菌丝。无性繁殖除黑粉菌芽生小孢子，锈菌产生双核的夏孢子起着分生孢子的作用外，一般不产生分生孢子。有性繁殖产生担子和担孢子。担子菌除锈菌外，一般没有特殊分化的性细胞或性器官，细胞结合方式大体上有两种情况：一种是双核化的菌丝顶端细胞膨大形成棍棒状的担子，在其中进行核配和减数分裂，生成担孢子。锈菌和黑粉菌属于后一种类型。担子菌中与农作物关系密切的有以上几属：
（1）黑粉菌属（Ustilago） 这是一个较大的属，近300个种。冬孢子分散，萌发时形成先菌丝和担孢子，其中也有少数不形成担孢子。全部黑粉菌都是植物寄生菌。据侵染部位一般分为幼苗侵染、花器侵染和植株侵染。多数禾本科黑粉菌是幼苗侵染，侵入寄主后，以菌丝体随着寄主的生长点发展。当菌丝体发展到一定的发展的发病部位或器官（如穗部）后，即大量分枝，隔膜增多，细胞膨大，胞壁变厚，最后断裂变圆，形成大量黑粉，即病菌的冬孢子。
有的黑粉菌，如玉米瘤黑粉病菌，侵染时菌丝体在寄主体内限于局部位，最后在侵染部位发病，产生冬孢子。黑粉菌中除玉米黑粉菌外，均无再侵染。
黑粉菌的冬孢子一般为圆形，单胞，深褐色或褐色，表面光滑或有细刺、突起或网状花纹。冬孢子萌发成四个细胞的先菌丝，每个细胞着生一个担孢子。四个担孢子两“＋”两“…” ，“＋”“…”两个担孢子或由它们的先菌丝交配后，产生双核菌丝侵入寄主。
（2）单胞锈菌属（Uromyces） 冬孢子堆产生于寄主表皮下，成熟后突或不突破表皮。冬孢子有柄，单胞，顶壁较厚，表面光滑，萌发时从冬孢子顶端形成先菌丝（担子）及小孢子（担孢子）。担孢子经过单主寄主后在寄主的上表皮下形成性孢子器，在下表皮下形成锈子腔，成熟后突破表皮散出球形、单胞的锈孢子。锈孢子侵入寄主后，在寄主上形成椭圆形或圆形、有柄、单胞、表面有细刺的夏孢子。重要病原菌有菜豆锈病菌（Uromyces appendiculatus）等。
（3）柄锈菌属（Puccinia） 冬孢子堆产生行寄主表皮下，成熟后突破表皮。冬孢子双胞，有柄、厚壁，深褐色，萌发时产生担子，在担子上产生四个担孢子。夏孢子初生于寄主表皮下，成熟后突破表皮而散出，夏孢子单生，单胞，圆形或椭圆形，表现有细刺。性孢子器球形，生于寄主右转主寄生。重要病原菌有小麦秆锈病菌（Puccinia granginis）。
5、半知菌亚门
真菌分类主要是根据有性阶段的形态特征进行的，而有一大群真菌没有有性阶段右有性阶段尚未被发现，暂时将它们归为一类，称为半知菌。一旦发现半知菌的有性阶段仍可按真菌分类原则归到适当的亚门中去。
半知菌都是非专性寄生菌。营养体为发达的菌丝体。无性繁殖产生各种类型的分生孢子梗及分生梗子。分生孢子有的裸生于寄主表面，有的生于球形的分生孢子器内，有的生于盘状的分生孢子盘上，有的只有菌丝而不产生孢子。根据无性繁殖的形态特征，大致分为四个类群，即丛梗孢菌、黑盘孢菌、球壳孢菌和无孢菌。半知菌每一类群中重要的有：
（1）尾孢属（Cercospora） 分生孢子梗丛生于寄主表面，黑褐色，不分枝，顶端着生分生孢子，分生孢子成熟后脱落，梗可继续生长，顶端又形成新的分生孢子，因此分生孢子梗常呈曲膝状。分生孢子多胞，线状，直或稍弯，无色或深色。重要病原菌有甜菜褐斑病�