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联席会议，讨论部署遣俘遣侨工作，制订了“中国战区日本官兵与日侨遣送归国计划”。这项计划从负责指挥遣送组织、任务区分、政策措施、地点，以及日俘日侨登船回国应遵照的种种条款，均作了明确规定。1946年1月15日，盟军总部在东京召开中国战区遣俘遣侨会议，对中美双方之任务、责任、财政管理、补给办法、所需船只数量及地点，作了进一步明确规定。
为了搞好日俘日侨的遣送工作，中国战区制订了战俘管理计划纲要（草案），国民政府军事委员会下设战俘管理委员会，由军政部、政治部、军令部共同组织。战俘组织委员会设上将主任1人，中将副主任2人，委员7人。下设教导组、编运组。中国陆军总司令部下设中国陆军总司令部战俘管理委员会，由中国陆军总司令部、政治部、后勤部各派2名代表组成。中国各战区、各方面军司令部增设战俘管理处。
1945年11月17日，第一艘遣送日俘之船从塘沽启航。此后，散在中国战区各地日俘日侨从各港口登船回国，至1946年6月底，全部遣送完毕。东北百万日侨的遣返工作是从1946年5月开始的，虽然比关内迟了半年时间，但进展顺利，前后历时7个月，最后一艘遣返日侨的航船于1946年11月底，离开了辽东湾的葫芦岛港口。
根据波茨坦公告第10项规定：“我们无意奴役日本民族或消灭其国家，但对于战争罪犯，包括虐待我们的俘虏者在内，将处以法律之严厉制裁。 ”1945年12月26日，苏美英三国外长在莫斯科召开会议决定，驻日盟军统帅应采取一切必要措施，包括惩办日本战犯，以实现日本的投降条件。
经盟国授权，驻日盟军最高统帅麦克阿瑟于1946年1月19日颁布了《特别通告》及《远东国际军事法庭宪章》（同年4月26日修正）。同时宣布在东京正式成立远东国际军事法庭，准备对日本战犯进行审判。法庭宪章共5章17条，规定了任务、组成、诉讼程序及其管辖权。1946年2月18日，麦克阿瑟任命澳大利亚的韦伯为首席法官，另外任命了中、苏、美、英、法、荷、菲律宾、加拿大、新西兰、印度等国的10名法官。美国律师约瑟夫·B·基南被任命为首席检察官，其他30名检察官大都来自在日本投降书上的签署国。
日本投降后不久，少数死不悔改的法西斯战犯自知难逃法网，不愿接受审判，接连畏罪自杀。1945年8月15日，日本陆相阿南惟几在官邸剖腹自杀。此后，海军军令部次长大西泷次郎中将，原参谋总长、华北方面军司令官杉山元元帅、陆军上将田中静壹、前关东军司令官本庄繁上将、前台湾总督安藤利吉及吉本贞一上将等人相继自杀身亡，9月11日，远东盟军最高司令部下令逮捕前首相东条英机等39名战犯，9月12日，东条自知恶贯满盈，罪重难逃，便在东京寓所于盟军到达后向自己的胸部开枪，但未击中要害，自杀未遂。10月7日，东条伤愈后被盟军拘留，11月19日，又宣布逮捕前首相小矶国昭陆军上将等10名战犯。12月2日，宣布逮捕前首相平沼骐一郎、广田弘毅等59名战犯。12月6日，逮捕前首相近卫文麿、前内大臣木户幸一等9名战犯。近卫于12月16日在获外庄寓所服毒自杀。
1946年4月29日，远东国际军事法庭对东条英机等28名甲级战犯正式起诉。法庭设在原日本陆军省，庭长室设在东条英机原来的办公室。5月3日，法庭在军事会议厅召开第一次公开会议，开始审理东条等战犯的罪行。
审理采用美、法法律，分立证和辩证两个阶段。3日至4日，首席检察官基南宣读长达42页的起诉书。起诉书历数了自1928年1月1日至1945年9月2日，被告的破坏和平罪、战争犯罪和违反人道罪等，即“以领导者、组织者、教唆者或同谋者的资格，参与共同计划或阴谋，欲为日本取得对东亚、太平洋、印度洋以及其接壤各国或邻近岛屿之军事、政治、经济的控制地位，为达到此目的，使日本单独或其他国家合作，对任何一个或一个以上之反对此项目的国家从事侵略战争”。起诉书列举出55项罪状。被告中罪状中最少的也有25项，最多的达54项。
东京审判从1946年5月3日开始，到1948年11月12日结束，前后持续2年半之久，共开庭818次，法官内部会议131次，有419位证人出庭作证，779位证人提供述书和宣誓口供，受理证据4336份，英文审判记录48412页。1948年4月16日，法庭宣布休会，以作出判决。从1948年11月4日起宣读长达1231页的判决书，到12日才读完。整个审判计耗资750万美元之多。判决书分三部分。
第一：
一，法庭的设立和审理。
二，法庭的职责
甲，法庭的管辖权；
乙，对俘虏的战争犯罪的责任；
丙，起诉书。
三，日本的义务和权利。
第二：
四，军部控制日本，准备战争。
五，日本对中国的侵略。
六，日本对苏联的侵略。
七，太平洋战争。
八，违反战争法规的犯罪（暴行）。
第三：
九，起诉书中罪状的认定。
十，判决。判决书肯定日本的内外政策在受审查的时期（1928—1945年）内都是旨在准备和发动侵略战争。
被告最初是28人，但前外交大臣松冈洋右和前海军大将永野修身病死，为日本侵略炮制法西斯理论根据的大川周明因发狂而诊断为精神病中止受审。最后只对25人进行了审判和判决。对7人处以绞刑（东条英机、广田弘毅、土肥原贤二、板垣征四郎、木材兵太郎、松井石根、武藤章）。对16人处以无期徒刑（荒木贞夫、桥本欣五郎、畑俊六、平沼骐一郎、星野直树、贺屋兴宣、木户幸一、小矶国昭、南次郎、冈敬纯、大岛浩、佐藤贤了、屿田繁太郎、白鸟敏夫、梅津美治郎、铃木贞一），判处2人有期徒刑（东乡茂德20年，重光葵7年）。1948年12月23日凌晨，东条等7名战犯的死刑在东京巢鸭监狱（即半岛区东池袋三丁目旧东京拘留所，现东池袋中央公园内）执行，东条等人被绞死在死刑架上。
除东京审判外，盟国还在马尼拉、新加坡、仰光、西贡以及伯力等地，对乙、丙级战犯进行审判。据统计，被盟国起诉的日本各类战犯总数为5423人，被判刑者4226人，其中被判处死刑者941人。＇〔日〕服部卓四郎：《大东亚战争全史》，原书房，1970年版，第1015页。＇
远东国际军事法庭对日本主要战犯作出的合乎正义的公正判决，具有重大的国际意义。
第一，通过这次审判，它根据许多第一手原始资料和1000多人的证词，核实了大量吏实，揭发和列举了战争贩子们的许多战争罪行，肯定了日本从“九·一八”事变到太平洋战争期间所进行的是侵略战争，并惩办了战争的策划者，这有利于保障世界各国人民的和平与安宁。
第二，远东盟军最高统帅总部的《特别通告》和《远东国际军筝法庭宪章》与欧洲军事法庭判决书一样，是世界各国公认的关于战争的重要的国际法文件，它肯定了如反和平罪、战争罪、反人道罪等都是违反国际法的罪行，等等。1946年12月11日，联合国大会第95（1）号决议确认了上述原则为国际法原则。
这在国际法上开了先例，促进了战争法规的发展。
最后，尚须指出，第二次世界大战结束后，由于美国的对外政策明显地转向反苏、反共，反对中国革命，急欲把日本变成反共的东方前哨阵地，美国占领当局竟不顾中国和全世界人民的反对，对日本战犯竭力庇护或大批释放。判决书只强调日本军事在实行侵略战争方面的罪行，而减轻日本政府和垄断资本为天皇、重臣、高级官僚、财界领导者等的责任。1947年8月30日，美国就释放了大资本家站川和航空卫业巨头中岛等人。这些人没有受到审判，也就使日本侵略的真正根源没有得到彻底揭露。
1948年12月24日，即对7名甲级战犯执行绞刑的次日，麦克阿瑟总部宣布，释放仍在巢鸭监狱中的岸信介等19名甲级战犯嫌疑犯。
1949年10月19日，宣布对乙、丙级战犯也结束审判，不再逮捕、搜查战犯嫌疑犯。
1950年3月7日，更悍然颁布“第五号指令”，规定所有根据判决书仍在日本服刑的战犯都可以在刑满前按所谓“宣誓释放制度”予以释放，这实际上废除了远东国际军事法庭的判决。中华人民共和国外交部于1950年5月15日发表声明，指出：“中央人民政府认为驻日盟军最高统帅麦克阿瑟违法越权的行为，不仅破坏了第二次世界大战中远东同盟国关于设立国际军事法庭的协议，不仅破坏了远东国际军事法庭惩治日本战犯的庄严判决，同时，这种狂妄行为必然严重损害了中国人民以八年血战换来的制裁日本战犯的基本权利，损害中国人民防止日本法西斯侵略势力复兴的基本利益。因此中华人民共和国中央人民政府对于麦克阿瑟以单方命令擅自规定提前释放日本战犯一事，绝对不予承认。”1950年11月21日，远东盟国总部又非法释放判刑己太轻而且刑期未满的重光葵，他不久就当上了外务大臣和副首相，荒木贞夫、畑俊六等也被释放，贺屋兴宣甚至重新回到政界。到1958年4月7日，所有战犯未服满的刑期都最后得到了赦免。
1944年5月16日，联合国战罪审查委员会伦敦总会通过决议，在中国设立远东及太平洋分会，并由中国政府担任分会主席。同年11月29日，由王宠惠主持在重庆正式成立分会，邀请美国、澳大利亚、比利时、英国、法国、印度、荷兰等10余国代表参加。
1945年12月，根据国民政府决定，由军令部、军政部、外交部、司法行政部等单位，与联合国战罪审查委员会远东及太平洋分会组成战犯处理委员会，并制定审理与执法的规定。从1945年12月中旬起，相继设立保定绥署审判战犯军事法庭，东北行辕审判战犯军事法庭，国防部南京审判战犯军事法庭，广州行辕审判战犯军事法庭，济南第2绥靖区